本文所述的“三方協議”不能抵扣增值稅事宜，是指因簽訂“三方協議”導致發票開具方與收取款項方不一致，導致的不能抵扣增值稅的情況，本文主要討論與該事項相關的規定，不能濫用文件依據，導致稅務風險。  　　
　　《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理若干問題的通知》（國稅發〔1995〕192號，以下簡稱192號文件）第一條第三款規定：  　　
　　“納稅人購進貨物或應稅勞務，支付運輸費用，所支付款項的單位，必須與開具抵扣憑證的銷貨單位、提供勞務的單位一致，才能夠申報抵扣進項稅額，否則不予抵扣。”  　　
　　簡單理解一下，就是甲公司銷售貨物給乙公司，乙公司取得的增值稅專用發票上的銷貨方是甲公司，乙公司必須向甲公司支付貨款，乙公司才可以抵扣發票上注明的稅款。總結，就是發票開具方與收取款項方不一致，采購方不能抵扣進項稅。  　　
　　在實際中，會發生很多類似于“三方協議”這樣的交易，而且很大一部分情況是正常的經營行為。比如為了控制資金，很多大型公司都會設置統一的結算中心，所有的款項收付均由中心進行，但發票卻是由各子公司或分公司取得；再比如出于對交易控制的考慮，有些情況必須由特定主體進行款項結算，可能會發生發票開具方與款項收取方不一致的情況；還有一些出于信貸風險等等各方面的考慮，總而言之，會有很多民事主體之間正當的“三方協議”，但正當的交易行為卻有可能與稅法發生沖突，當然這對于稅務機關來講也屬無奈之舉，畢竟有些不守法的納稅人利用“三方協議”虛開發票虛假抵扣等。  　　
　　鑒于以上原因，有很多稅務專家，一直在尋找一些能夠解決該問題的稅務文件，比如，有觀點認為《國家稅務總局關于納稅人對外開具增值稅專用發票有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第39號，簡稱39號文）中的條款，就是“三方協議”可以抵扣增值稅的依據。  　　
　　39號文件規定：  　　
　　“納稅人通過虛增增值稅進項稅額偷逃稅款，但對外開具增值稅專用發票同時符合以下情形的，不屬于對外虛開增值稅專用發票：  　　
　　一、納稅人向受票方納稅人銷售了貨物，或者提供了增值稅應稅勞務、應稅服務；  　　
　　二、納稅人向受票方納稅人收取了所銷售貨物、所提供應稅勞務或者應稅服務的款項，或者取得了索取銷售款項的憑據；  　　
　　三、納稅人按規定向受票方納稅人開具的增值稅專用發票相關內容，與所銷售貨物、所提供應稅勞務或者應稅服務相符，且該增值稅專用發票是納稅人合法取得、并以自己名義開具的。

受票方納稅人取得的符合上述情形的增值稅專用發票，可以作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額。“  　　
　　有觀點認為，39號文中的第二條中的“取得了索取銷售款項的憑據”，可以作為對192號文件規定的補充，可以作為“三方協議”可以抵扣增值稅的依據。  　　
　　筆者對此持不同的意見，主要原因如下：  　　
　　一、從39號文件的本意來看  　　
　　舉例簡單理解，假設A公司取得了虛假的增值稅專用發票，比如通過支付手續費的方式取得了沒有真實業務背景的增值稅專用發票等，同時又通過防偽稅控系統開具了增值稅專用發票給下游公司B，A與B之間的業務為真實情況，簽訂了購銷合同，開具的發票也符合相關規定，A公司已經申報并繳納了增值稅，B公司也向A公司支付了貨款，總而言之符合39號文件的三條規定。  　　
　　當A公司取得虛假增值稅發票并抵扣的情況被當地稅務機關發現后，A公司開具給B公司的發票行為如果被認定為虛開，則不管B公司取得該發票是善意或惡意行為，都不得抵扣從A公司取得的增值稅專用發票的進項稅。  　　
　　這種處理對于B公司來講顯然是極為不合理的，B公司簽訂了正式的合同，貨物交易也是真實情況，貨款也真實的支付，不讓其抵扣增值稅對于遵紀守法的納稅人來講是很難接受的。  　　
　　所以，39號文件規定，即使通過虛增增值稅進項稅額偷逃稅款的納稅人，同時符合文件上述三個條件開具的發票，不認為是虛開增值稅專用發票。這樣，上述例子中的B公司就有可能不被追繳稅款及滯納金。  　　
　　從39號文件的本意來看，這與“三方協議”抵扣增值稅完全沒有關系。  　　
　　二、從“取得了索取銷售款項的憑據”的真實含義來看  　　
　　有觀點認為，“三方協議”也屬于“取得了索取銷售款項的憑據”的一種形式。  　　
　　這個邏輯很簡單，增值稅條例十九條對于增值稅納稅義務發生時間的規定，“銷售貨物或者應稅勞務，為收訖銷售款項或者取得索取銷售款項憑據的當天”；營改增財稅〔2013〕106號文件規定，“取得索取銷售款項憑據的當天，是指書面合同確定的付款日期；未簽訂書面合同或者書面合同未確定付款日期的，為應稅服務完成的當天。”  　　
　　所以，邏輯就出來了：  　　
　　簽訂三方協議——書面合同確定付款——取得索取銷售款項憑據——不認定為虛開——下游可以抵扣  　　
　　這種推理顯然是不正確的，首先39號文件的前提是“納稅人通過虛增增值稅進項稅額偷逃稅款”；其次，“三方協議”的不允許抵扣，指的是發票開具方與收取款項方不一致的情況，并不能因為所謂的“取得索取銷售款項憑據”就將此限制忽略，也就是說，即使不考慮39號文件的前提，即使“取得索取銷售款項憑據”，仍然需要考慮發票開具方與收取款項方不一致的情況。  　　
　　總而言之，筆者認為這是對于39號文第二條規定擴大化的理解，其中的“取得了索取銷售款項的憑據”沒有任何含義指向了三方協議的情況。  　　
　　當然，這里需要解釋一下，“索取銷售款項憑據”并不單指合同，比如，甲公司銷售貨物給乙公司，合同規定驗貨后3日內付款，這里的“索取銷售款項憑據”還包括乙公司的驗貨證明、提貨單等單據。  　　
　　筆者最后強調，此種做法存在很大的稅務風險，如果納稅人根據39號文去簽訂“三方協議”，認為其進項稅可以抵扣，應該不會得到主管稅務機關的認可，雖然其正當交易導致稅務風險有些冤屈，我們也呼吁盡可能的保護守法納稅人的正當經營性為，但納稅人應以現行文件規定進行稅務處理。39號文并不是“三方協議”抵扣的救命稻草。