2008年1月1日起實施的《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》采用了國際上通行的法人所得稅制，即以法人企業(yè)為企業(yè)所得稅的納稅主體。隨著市場經(jīng)濟的不斷發(fā)展，許多法人企業(yè)根據(jù)經(jīng)營需要，跨地區(qū)設(shè)立多個分支機構(gòu)，利用各地資源優(yōu)勢在競爭中求發(fā)展。新《企業(yè)所得稅法》第五十條明確規(guī)定：“居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)的，應(yīng)當(dāng)匯總計算并繳納企業(yè)所得稅。”

　　長期以來，我國企業(yè)所得稅為中央與地方財政分享的稅種，即共享稅。法人所得稅制帶來的突出問題在于：對于屬于中央與地方共享稅的企業(yè)所得稅，如果非法人的分支機構(gòu)將全部稅款繳到總公司所在地入庫，將不可避免地區(qū)間的利益轉(zhuǎn)移，同時由于分支機構(gòu)分享了地方提供的公共產(chǎn)品和公共服務(wù)，如果沒有稅收貢獻，制約了地方經(jīng)濟建設(shè)及全國經(jīng)濟均衡高效的運行。為妥善處理好地區(qū)間利益分配關(guān)系，《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》第一百二十五條做出相關(guān)規(guī)定：“企業(yè)匯總計算并繳納企業(yè)所得稅時，應(yīng)當(dāng)統(tǒng)一核算應(yīng)納稅所得額，具體辦法由國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門另行制定。”隨后國務(wù)院批準(zhǔn)出臺《跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法》（財預(yù)[2008]10號）文件，總局在此基礎(chǔ)上又制定了《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發(fā)[2008]28號）文件，這兩個文件分別從財政預(yù)算及稅收征管的不同方面加以規(guī)定，旨在合理利用稅收手段妥善處理地區(qū)間利益分配關(guān)系，有效解決法人所得稅制度下稅源跨地區(qū)轉(zhuǎn)移的問題。隨后又出臺的一些配套政策，特別是《關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）文件，對具體的政策執(zhí)行有非常強的指導(dǎo)作用。

　　跨地區(qū)匯總納稅“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的處理原則，由總機構(gòu)負責(zé)進行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機構(gòu)、分支機構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補稅款。

　　上述政策，在匯總納稅企業(yè)年度匯算清繳申報時與一般企業(yè)的區(qū)別主要體現(xiàn)在以下幾點：

　　一、匯總納稅企業(yè)納稅申報數(shù)據(jù)為法人企業(yè)核算的全部數(shù)據(jù)

　　企業(yè)下設(shè)分支機構(gòu)會根據(jù)自身情況確定獨立核算還是由總機構(gòu)統(tǒng)一核算即非獨立核算的方式。無論會計采用何種方式，總機構(gòu)在申報企業(yè)所得稅時作為一個法人企業(yè)，預(yù)繳及匯算清繳的各項申報數(shù)據(jù)是法人企業(yè)整體核算的結(jié)果，各分支機構(gòu)都不需要單獨核算利潤、計算應(yīng)納稅所得額。

　　1、收入的確認

　　一般情況下，企業(yè)將所屬獨立核算的分支機構(gòu)核算的收入?yún)R總到總部統(tǒng)一申報；非獨立核算分支機構(gòu)的收入確認與一般企業(yè)一樣不需要總機構(gòu)單獨處理。因此匯總納稅企業(yè)應(yīng)注意將總機構(gòu)及各分支機構(gòu)取得的各項收入一并計入應(yīng)納稅所得額。

　　例1：A企業(yè)為2003年在北京成立的一家高新技術(shù)企業(yè)企業(yè)，并分別在2004-2006年下設(shè)三家獨立核算的分支機構(gòu)：上海分公司-A1、深圳分公司-A2、西寧分公司-A3.2009年A企業(yè)總部銷售收入1500萬元、分支機構(gòu)A1銷售收入450萬元、分支機構(gòu)A2銷售收入360萬元、分支機構(gòu)A3銷售收入130萬元，A企業(yè)2009年銷售收入2440萬元（1500+450+360+130）。如果A企業(yè)下設(shè)的三家分支機構(gòu)A1、A2、A3不獨立核算，其銷售收入由總公司統(tǒng)一核算。

　　2、扣除項目的確認

　　匯總納稅企業(yè)稅前項目的處理原則與收入確認一致，各項稅前扣除數(shù)據(jù)不需要考慮各分支機構(gòu)的情況由法人企業(yè)統(tǒng)一核算。如工資、職工福利費等三項經(jīng)費、業(yè)務(wù)招待費、業(yè)務(wù)宣傳費、廣告費、利息支出等都是法人企業(yè)全部數(shù)據(jù)，稅前扣除的各項指標(biāo)統(tǒng)一計算扣除，不對分支機構(gòu)單獨計算稅前扣除限額。

　　例2：如果例1中A企業(yè)總部及三家分支機構(gòu)2009年度發(fā)生的業(yè)務(wù)招待費、廣告費如表1所示

　　A企業(yè)2009年納稅申報時：一是發(fā)生業(yè)務(wù)招待費110萬元，稅前扣除限額由2440×5‰=12.2（萬元）與110×60%=66（萬元）比較后孰小的原則為12.2萬元，納稅調(diào)增額=110-12.5=97.5（萬元）；二是發(fā)生廣告費305萬元，稅前扣除限額為2440×15%=122（萬元），納稅調(diào)增額=305-122=183（萬元）。

　　上述申報體現(xiàn)了法人稅的實質(zhì)，各分支機構(gòu)不單獨計算應(yīng)納稅所得額，各類涉稅事項由總機構(gòu)統(tǒng)一計算。實踐中，新稅法執(zhí)行后，稅務(wù)機關(guān)不需要再對符合28號文件規(guī)定條件的分支機構(gòu)進行單獨的企業(yè)所得稅檢查。

　　二、匯總納稅企業(yè)總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)減免稅款的計算相對復(fù)雜

　　2008年1月1日法人稅制的實施，享受減免稅的主體為法人企業(yè)，不會對某一獨立核算的分支機構(gòu)單獨減免稅。因此新稅法實施后，匯總納稅企業(yè)與一般企業(yè)享受減免稅的資格及審批方式一致，區(qū)別在于總機構(gòu)對企業(yè)審批的各項減免適用于法人企業(yè)及所屬各分支機構(gòu)，各分支機構(gòu)不再單獨申請減免稅優(yōu)惠。如果例1中A企業(yè)取得了高新技術(shù)企業(yè)證書，申請2009年度享受高新技術(shù)減免稅及技術(shù)開發(fā)費加計扣除的優(yōu)惠政策，由總機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)依據(jù)稅法審批、備案后A企業(yè)總機構(gòu)及3家分支機構(gòu)2009年度納稅申報時一并享受，不需要其分支機構(gòu)再向所在地單獨主管稅務(wù)機關(guān)單獨申請。

　　目前，匯總納稅企業(yè)總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)計算減免稅的政策規(guī)定出處是由于舊稅法的企業(yè)所得稅納稅主體為獨立核算的納稅人，獨立核算的分支機構(gòu)如果符合條件可以按獨立納稅人享受減免稅優(yōu)惠，導(dǎo)致總機構(gòu)和分支機構(gòu)稅率不一致。因此財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于執(zhí)行企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策若干問題的通知》財稅 [2009]69號文件明確：“企業(yè)在2007年3月16日之前設(shè)立的分支機構(gòu)單獨依據(jù)原內(nèi)、外資企業(yè)所得稅法的優(yōu)惠規(guī)定已享受有關(guān)稅收優(yōu)惠的，凡符合《國務(wù)院關(guān)于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)[2007]39號）所列政策條件的，該分支機構(gòu)可以單獨享受國發(fā)[2007]39號規(guī)定的企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策。”《關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》國稅函[2009]221號文件進一步明確：“除《國務(wù)院關(guān)于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)[2007]39號）、《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅[2008]1號）和《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于貫徹落實國務(wù)院關(guān)于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策有關(guān)問題的通知》（財稅[2008]21號）有關(guān)規(guī)定外，跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)不得按照上述總分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的計算方法計算并繳納企業(yè)所得稅，應(yīng)按照企業(yè)適用統(tǒng)一的稅率計算并繳納企業(yè)所得稅。”

　　（一）總、分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)如何計算減免稅的兩項具體政策：

　　1、《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發(fā)[2008]28號）文件規(guī)定：“總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構(gòu)統(tǒng)一計算全部應(yīng)納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構(gòu)的應(yīng)納稅所得額后，再分別按總機構(gòu)和分支機構(gòu)所在地的適用稅率計算應(yīng)納稅額。”

　　2、《關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）文件進一步明確：“預(yù)繳時，總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構(gòu)統(tǒng)一計算全部應(yīng)納稅所得額，然后按照國稅發(fā)[2008]28號文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構(gòu)的應(yīng)納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應(yīng)納稅額后加總計算出企業(yè)的應(yīng)納所得稅總額。再按照國稅發(fā)[2008]28號文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，向總機構(gòu)和分支機構(gòu)分?jǐn)偩偷仡A(yù)繳的企業(yè)所得稅款。匯繳時，企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額應(yīng)按上述方法并采用各分支機構(gòu)匯算清繳所屬年度的三因素計算確定。”

　　（二）總、分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的案例分析

　　匯總納稅企業(yè)總、分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的匯算清繳申報需要分步計算減免稅額：

　　一是在總機構(gòu)統(tǒng)一計算應(yīng)納稅所得額的基礎(chǔ)上，按國稅發(fā)[2008]28號文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重計算劃分不同稅率地區(qū)分支機構(gòu)的應(yīng)納稅所得額；

　　二是再按各分支機構(gòu)自身的稅率計算各自應(yīng)納所得稅額；

　　三是將各分支機構(gòu)應(yīng)納所得稅額匯總后計算企業(yè)的減免稅額。

　　例3：如果例1中A企業(yè)2009年度應(yīng)納稅所得額1000萬元，由于其沒有取得高新技術(shù)企業(yè)證書，所以沒有申請享受新稅法規(guī)定的高新技術(shù)企業(yè)減免稅優(yōu)惠。2009年度該企業(yè)深圳分公司繼續(xù)享受新稅法公布前的過渡期優(yōu)惠政策、西寧分公司繼續(xù)執(zhí)行西部大開發(fā)的稅收優(yōu)惠，因此2009年度納稅申報需要對其總、分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的情況繼續(xù)納稅處理。

　　A企業(yè)2009年度各相關(guān)指標(biāo)如表2所示：

　　2009年匯算清繳時，一是分步計算減免稅額：

　　1、計算不同稅率地區(qū)各分支機構(gòu)的應(yīng)納稅所得額

　　總機構(gòu)應(yīng)納稅所得額=1000×50%=500（萬元）

　　25%地區(qū)的應(yīng)納稅所得額=1000×50%×（0.35×450/2440+0.35×30/155+0.3×800/3500）=100.4（萬元）

　　20%地區(qū)的應(yīng)納稅所得額=1000×50%×（0.35×360/2440+0.35×20/155+0.3×500/3500）=69.85（萬元）

　　15%地區(qū)的應(yīng)納稅所得額=1000×50%×（0.35×130/2440+0.35×5/155+0.3×200/3500）=23.5（萬元）

　　2、計算不同稅率地區(qū)各分支機構(gòu)的應(yīng)納所得稅額

　　25%地區(qū)的應(yīng)納所得稅額=100.4×25%=25.1（萬元）

　　20%地區(qū)的應(yīng)納所得稅額=69.85×20%=13.97（萬元）

　　15%地區(qū)的應(yīng)納所得稅額=23.5×15%=3.525（萬元）

　　3、計算A企業(yè)2009年度減免稅額

　　A企業(yè)減免稅額=1000×25%-（1000×50%×25%+25.1+13.97+3.525）

　　=250-167.595=82.405（萬元）

　　二是A企業(yè)納稅申報表主表填報：

　　第25行“應(yīng)納稅所得額”：1000萬元

　　第26行“稅率（25%）”：25%

　　第27行“應(yīng)納所得稅額”：250萬元

　　第28行“減免所得稅額”：82.405萬元

　　第30行“應(yīng)納稅額”：167.595萬元

　　第33行“實際應(yīng)納所得稅額”：167.595萬元

　　（三）如何處理匯總納稅企業(yè)過渡期優(yōu)惠政策與新稅法優(yōu)惠政策同時存在的情況

　　《國務(wù)院關(guān)于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)[2007]39號）文件規(guī)定：企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策與新稅法及實施條例規(guī)定的優(yōu)惠政策存在交叉的，由企業(yè)選擇最優(yōu)惠的政策執(zhí)行，不得疊加享受，且一經(jīng)選擇，不得改變。《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于執(zhí)行企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策若干問題的通知》（財稅 [2009]69號）文件進一步明確：國發(fā)[2007]39號文件所稱不得疊加享受，且一經(jīng)選擇，不得改變的稅收優(yōu)惠情形，限于企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策與企業(yè)所得稅法及其實施條例中規(guī)定的定期減免稅和減低稅率類的稅收優(yōu)惠。

　　匯總納稅企業(yè)適用上述政策存在兩種情況：一是如果企業(yè)整體享受過渡期優(yōu)惠政策，又同時可以享受新稅法規(guī)定的定期減免稅或減低稅率類的稅收優(yōu)惠；二是由于分支機構(gòu)享受過渡期優(yōu)惠政策致使總、分支機構(gòu)存在不同稅率，該企業(yè)又可以同時享受新稅法規(guī)定的定期減免稅或減低稅率類的稅收優(yōu)惠。這兩種情況都需要納稅人進行選擇，或是適用過渡期優(yōu)惠或是適用新稅法的優(yōu)惠，二者不能同時享受。

　　以案例中的A企業(yè)為例，A企業(yè)已取得高新技術(shù)企業(yè)證書，可以享受15%的高新技術(shù)企業(yè)減免稅優(yōu)惠；同時其深圳A2分公司繼續(xù)享受新稅法公布前的過渡期優(yōu)惠政策、西寧A3分公司繼續(xù)執(zhí)行西部大開發(fā)的稅收優(yōu)惠，導(dǎo)致A企業(yè)的總、分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)。因此，A企業(yè)可以從下例方式種選擇一種享受稅收優(yōu)惠政策：一是2009年度享受高新技術(shù)減免稅，總分機構(gòu)統(tǒng)一適用15%的稅率；二是參考例3并依據(jù)總分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的稅收政策，逐步計算出A企業(yè)的減免稅款。兩種方法不能同時采用。

　　三、匯總納稅企業(yè)納稅申報的其他重要事項處理

　　1、關(guān)于分支機構(gòu)以前年度虧損的處理

　　《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發(fā)[2008]28號）文件規(guī)定：“總機構(gòu)和分支機構(gòu)2007年及以前年度按獨立納稅人計繳所得稅尚未彌補完的虧損，允許在法定剩余年限內(nèi)繼續(xù)彌補。”解決了原獨立核算分支機構(gòu)的以前年度虧損額在新稅法下如何處理的問題，其實質(zhì)是2008年1月1日后分支機構(gòu)以前年度的虧損額由法人企業(yè)一并彌補。

　　由于《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》（A類）中沒有單獨體現(xiàn)彌補分支機構(gòu)以前年度虧損的行次，實際工作中，可以將其填列在附表四《彌補虧損明細表》第3列“合并分立企業(yè)轉(zhuǎn)入可彌補虧損額”中。

　　2、主表第34行“本年累計實際已預(yù)繳的所得稅額”存在的政策執(zhí)行差異

　　匯總納稅政策規(guī)定：匯總納稅企業(yè)實現(xiàn)的預(yù)繳所得稅，由總、分機構(gòu)按分配比例于預(yù)繳時分別入庫，其中50%在各分支機構(gòu)間分?jǐn)傤A(yù)繳，50%由總機構(gòu)預(yù)繳；總機構(gòu)年終匯算清繳時統(tǒng)一計算、多退少補。與一般企業(yè)的納稅申報不同，匯總納稅企業(yè)填報的“本年累計實際已預(yù)繳的所得稅”應(yīng)包括按匯總納稅政策在總機構(gòu)入庫及向分支機構(gòu)分配入庫的本年度全部預(yù)繳稅款。

　　執(zhí)行中一些地區(qū)出于區(qū)域利益的平衡，分支機構(gòu)未按總機構(gòu)出具的分配表就地入庫所得稅，預(yù)繳稅款或多或少，致使“本年累計實際已預(yù)繳的所得稅”與實際不符，成為匯總納稅申報中較為突出的問題。

　　針對預(yù)繳稅款未按規(guī)定入庫的突出問題，國稅函[2009]221號文件明確：“對應(yīng)執(zhí)行國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定而未執(zhí)行或未正確執(zhí)行上述文件規(guī)定的跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，在預(yù)繳企業(yè)所得稅時造成總機構(gòu)與分支機構(gòu)之間同時存在一方（或幾方）多預(yù)繳另一方（或幾方）少預(yù)繳稅款的，其總機構(gòu)或分支機構(gòu)就地預(yù)繳的企業(yè)所得稅低于按上述文件規(guī)定計算分配的數(shù)額的，應(yīng)在隨后的預(yù)繳期間內(nèi)，由總機構(gòu)將按上述文件規(guī)定計算分配的稅款差額分配到總機構(gòu)或分支機構(gòu)補繳；其總機構(gòu)或分支機構(gòu)就地預(yù)繳的企業(yè)所得稅高于按上述文件規(guī)定計算分配的數(shù)額的，應(yīng)在隨后的預(yù)繳期間內(nèi)，由總機構(gòu)將按上述文件規(guī)定計算分配的稅款差額從總機構(gòu)或分支機構(gòu)的預(yù)繳數(shù)中扣減。”從政策上要求：符合跨地區(qū)匯總納稅政策要求的分支機構(gòu)，應(yīng)按總機構(gòu)分配表預(yù)繳稅款。對不符合政策在當(dāng)?shù)囟嗬U或少繳的所得稅，應(yīng)由分支機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)在以后的預(yù)繳申報中解決，不能在總機構(gòu)年度納稅申報表中反映。

　　例4：如果例1中的A企業(yè)2009年度1-4季度累計申報預(yù)繳所得稅50萬元，其中3季度分配表中分配西寧A3分公司所得稅5萬元，A3分公司在當(dāng)?shù)貙嶋H繳納8萬元，比分配稅款多入庫3萬元，導(dǎo)致A企業(yè)2009年度全年實際繳納所得稅53萬元，比應(yīng)預(yù)繳的50萬元多入庫3萬元。A企業(yè)2009年度納稅申報表主表第34行“本年累計實際已預(yù)繳的所得稅額”填報50萬元，多繳的3萬元應(yīng)由西寧A3分公司在2010年度預(yù)繳申報中扣減。

　　3、分支機構(gòu)損失由分支機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)審批

　　《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發(fā)[2008]28號）文件規(guī)定：分支機構(gòu)的各項財產(chǎn)損失，應(yīng)由分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)審核并出具證明后，再由總機構(gòu)向所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報扣除。

　　新稅法實施后，納稅人稅前扣除資產(chǎn)損失的政策依據(jù)主要是《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)資產(chǎn)損失稅前扣除政策的通知》財稅[2009]57號及《企業(yè)資產(chǎn)損失稅前扣除管理辦法》國稅發(fā)[2009]88號兩個文件。稅務(wù)機關(guān)對稅前扣除資產(chǎn)損失的審理是目前所得稅管理中的重點及難點。實行法人稅制后，納稅人無論資產(chǎn)損失發(fā)生在總機構(gòu)還是分支機構(gòu)，都由總機構(gòu)匯總后申報扣除。因此總機構(gòu)年度納稅申報扣除的資產(chǎn)損失包括由各分支機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)在當(dāng)?shù)貙徟馁Y產(chǎn)損失，總機構(gòu)稅務(wù)機關(guān)可以事后向分支機構(gòu)稅務(wù)機關(guān)實地核查。

　　從征管現(xiàn)狀考慮，總、分支機構(gòu)異地經(jīng)營，總機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)異地審核分支機構(gòu)發(fā)生的資產(chǎn)損失存在一定困難，由資產(chǎn)損失發(fā)生地的主管稅務(wù)機關(guān)審核更符合征管實際。當(dāng)然，法人稅制帶來分支機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)管轄權(quán)減弱也是不爭的現(xiàn)實。因此，做好對匯總納稅企業(yè)資產(chǎn)損失審核及其他事項的管理，需要總、分支機構(gòu)的主管稅務(wù)機關(guān)之間的密切協(xié)作和配合，進一步在征管實踐中完善對匯總納稅企業(yè)的所得稅管理。