關于增值稅一般納稅人取得貨物運輸發票抵扣增值稅問題，很多文章已經有過詳細的論述。今年來，國家稅務總局進一步加強了對四小票抵扣增值稅的管理，其中對于貨物運輸發票的增值稅抵扣，特別是公路、內河貨物運輸發票的增值稅抵扣出臺了一些新的措施和政策，值得大家關注。

　　為使大家更好的掌握好貨物運輸發票增值稅抵扣問題，避免不必要的稅務風險，我們將詳細分析一下貨物運輸發票增值稅抵扣的相關政策和實務問題。

　　一、貨物運輸發票增值稅抵扣的相關政策規定

　　1、基本政策。經國務院批準，從1998年7月1日起，增值稅一般納稅人外購或銷售應稅貨物（固定資產除外）所支付的運輸費，根據運費結算單據（普通發票）所列運費金額，依7%的扣除率計算進項稅額，準予扣除。但隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得計算扣除。納稅人購買或銷售免稅貨物所發生的運輸費用，不得計算進行稅扣除。

　　（貨運發票增值稅的扣除率在1998年7月1日之前是10%，相關政策依據見財稅[1994]60、財稅[1994]12、財稅[1998]114）

　　自2005年4月1日，東北地區擴大增值稅抵扣范圍企業購進或銷售固定資產支付的運輸費用準予抵扣（國稅函[2005]332）

　　自2007年7月1日，中部地區擴大增值稅抵扣范圍企業為固定資產支付的運輸費用，自2007年7月1日后取得交通運輸發票的，準予抵扣進項稅。（財稅[2007]75）

　　[實務問題]：對于貨運發票抵扣我們一般的表述是一般納稅人在外購和銷售貨物和提供應稅勞務時所支付的運輸費，實務中有這么一種情況，部分大型的增值稅一般納稅人在將外購的材料運抵入庫后，需要將材料從材料倉庫運輸到生產地點，對這部分發生在廠區內的運輸費用，取得了運輸發票能否抵扣增值稅是存在爭議的。因為，大家普遍認為，對于這部分發生在廠區內的運費不是在材料的外購或銷售環節，不符合規定。但是，這一爭議自2005年11月28日后就不存在爭議了。這里我們要特別提出以下的政策規定：《財政部 國家稅務總局關于增值稅若干政策的通知》財稅[2005]165號文第7條第二款規定：一般納稅人在生產經營過程中所支付的運輸費用，允許計算抵扣進項稅額。

　　因此，只要運輸費用是在生產經營過程中發生的，都允許計算抵扣進項稅。盡管在總局后來關于運費發票抵扣增值稅的表述中還是提外購或銷售貨物環節，但財稅[2005]165號文提出的這一原則還是執行的。

　　2、準予抵扣的運輸發票及費用

　　① 準予抵扣增值稅進項稅的運輸發票準予計算增值稅進項稅扣除的貨運發票的種類。根據規定，增值稅一般納稅人外購和銷售貨物（固定資產除外，當然特別地區可以）所支付的運輸費用，準予抵扣的運費結算單據（普通發票），是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸的非國有運輸單位開具的套印全國統一發票監制章的貨票。準予計算進項稅額扣除的貨運發票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發票。（國稅函發[1995]288）

　　② 準予抵扣的運費準予抵扣的貨物運費金額是指在運輸單位開具的貨票上注明的運費、建設基金，不包含隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費。（國稅函發[1995]288）

　　增值稅一般納稅人外購和銷售貨物（固定資產除外）所支付的管道運輸費用，可以根據套印有全國統一發票監制章的運輸費用結算單據（普通發票）所列運費金額，按規定計算進項稅抵扣。（國稅發[1996]155）

　　③ 不準予抵扣的運費增值稅一般納稅人采用郵寄方式銷售、購買貨物所支付的郵寄費，不允許計算進項稅額抵扣（國稅函發[1995]288）

　　納稅人購進、銷售貨物所支付的運輸費用明顯偏高，經過審核不合理的，不予抵扣運輸費用（國稅發[1995]192）

　　增值稅一般納稅人支付的國際貨物運輸代理費用，不得作為運輸費用抵扣增值稅。（國稅函發[2005]54）

　　企業外購或銷售貨物所支付的費用，在計算運費費用進項稅額時，必須根據鐵路、公路、民用航空等單位開具的“鐵路運輸發票”、“公路運輸發票”等貨票。不得依照聯運發票計算進項稅額）

　　準予計算進項稅額扣除的貨運發票，與購貨發票上所列的有關項目必須相符，否則不予抵扣。

　　納稅人同時購入固定資產和原材料，發生的運費如果可以合理劃分，則運輸原材料部分的運費的進項稅額可以計算抵扣，如無法劃分，則不得計算進項稅額抵扣。

　　一般納稅人取得的項目填寫不齊全的運輸發票（附有運輸清單的匯總開具的運輸發票除外）不得計算抵扣進項稅額。

　　一般納稅人取得的匯總開具的運輸發票，凡附有運輸企業開具并加蓋財務專用章或發票專用章的運輸清單，允許計算抵扣進項稅額。（財稅[2005]165）

　　一般納稅人取得的項目填寫不齊全的運輸發票（附有運輸清單的匯總開具的運輸發票除外）不得計算抵扣進項稅額。（財稅[2005]165）

　　[實務問題]對于增值稅一般納稅人在進口和出口貨物環節發生的境外運輸費用能否抵扣增值稅進項稅問題：根據規定，增值稅一般納稅人取得的境外運輸費用是不能計算增值稅的進項稅的。

　　《財政部 國家稅務總局關于增值稅若干政策的通知》財稅[2005]165號文第7條第三款規定：一般納稅人取得的國際貨物運輸代理業發票和國際貨物運輸發票，不得計算抵扣進項稅額。財稅[2005]165號文不僅強調了國際貨物運輸代理業發票不得計算抵扣增值稅進項稅，而且規定國際貨物運輸發票也不得計算抵扣進項稅。實際就明確了增值稅一般納稅人發生的境外運輸費用是不能抵扣進項稅的。

　　對于不予抵扣的運輸發票進行進項稅轉出的問題，應根據企業在帳務上實際入賬的貨運費用的金額除以1-7%后乘以7%確認。即轉出不予抵扣的運費金額=企業入賬的運輸費用/（1-7%）*7%二、各類貨運發票增值稅抵扣問題的詳細解讀以上是我們對貨物運輸發票抵扣增值稅進項稅問題的一些基本政策規定。由于貨物運輸發票的種類很多，包括航空運票、鐵路運票、公路、內河運票等，政策規定也不相同，為使大家更好的掌握各種貨運發票的增值稅抵扣問題，我們下面分別就各種貨運發票的種類來詳細解讀貨運發票抵扣中應注意的各類問題和事項。

　　（一） 民用航空運費發票對于增值稅一般納稅人在外購和銷售貨物（固定資產除外）中取得的民用航空貨票，根據國稅函發[1995]288號文的規定是準予抵扣的。

　　目前我國的稅收法規中，對于民用航空貨票抵扣增值稅進項稅的問題并沒有非常詳細的規定。但這里要注意的是，一般納稅人只有取得民用航空公司開具額貨票才能抵扣增值稅進項稅。而在實務中，航空公司的貨運業務一般是外包給大型貨運代理公司運作的，即航空公司一般不直接面對市場承接航空運輸業務。因此，一般納稅人在通過航空運輸銷售或外購貨物時，是和運輸代理單位簽訂合同，取得的一般是貨運代理業發票。根據政策規定，貨運代理業發票是不能計算增值稅進項稅抵扣的。實務中，有部分納稅人將取得的這種貨運代理發票計算抵扣增值稅進項稅導致了稅務機關的處罰。

　　（二） 管道運輸發票根據國稅發[1996]155號文規定，增值稅一般納稅人外購和銷售貨物（固定資產除外）所支付的管道運輸費用，可以根據套印有全國統一發票監制章的運輸費用結算單據（普通發票）所列運費金額，按規定計算進項稅抵扣。

　　管道運輸一般發生在油運和天然氣運輸過程中，涉及的企業也較少，實務中對其規定也比較簡單。

　　（三） 鐵路運輸發票自2005年4月1日起，增值稅一般納稅人購進或銷售貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用（包括未列明的新增的鐵路臨管線及鐵路專線運輸費用）準予抵扣。準予抵扣的范圍僅限于鐵路運輸企業開具各種運營費用和鐵路建設基金，隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得抵扣。東北地區擴大增值稅抵扣范圍企業購進或銷售固定資產支付的運輸費用準予抵扣。（國稅函[2005]332）

　　中國鐵路包裹快運公司（簡稱中鐵快運）為客戶提供運輸勞務，屬于鐵路運輸企業。因此，對增值稅一般納稅人購進或銷售貨物取得的《中國鐵路小件貨物快運運單》列明的鐵路快運包干費、超重費、到付運費和轉運費，可按7％的扣除率計算抵扣進項稅額。（國稅函[2003]970）

　　[實務問題]由于鐵路運輸模式中，一般是實行車皮承包制，對于一般納稅人在鐵路運輸過程中租用別人車皮運輸導致托運人或收貨人與實際購買或銷售貨物人不一致，而導致鐵路運輸發票難以抵扣的情況，財稅[2005]165號文規定：一般納稅人購進或銷售貨物（東北以外地區固定資產除外）通過鐵路運輸，并取得鐵路部門開具的運輸發票，如果鐵路部門開具的鐵路運輸發票托運人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運輸發票托運人欄或備注欄注有該納稅人名稱的（手寫無效），該運輸發票可以作為進項稅額抵扣憑證，允許計算抵扣進項稅額。

　　（四） 公路、內河貨物運輸發票由于爆發了河南許昌利用虛假貨物運輸發票抵扣增值稅進項稅的特大案件后，2003年11月國家稅務總局對公路、內河貨物運輸市場進行了專項的稅務治理，并出臺了新的稅收征管措施，這也導致了公路、內河貨運發票增值稅進項稅抵扣問題發生的新的變化。

　　2003年10月7日，國家稅務總局出臺了《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收征管的通知》國稅發[2003]121號文，文件由《貨物運輸業營業稅征收管理試行辦法》、《運費發票增值稅抵扣管理試行辦法》、《貨物運輸業營業稅納稅人認定和年審試行辦法》和《貨物運輸業發票管理流程實施方案》（以下簡稱“三個辦法和一個方案”）組成。

　　首先，對于所有在我國境內提供公路、內河貨物運輸勞務的單位和個人進行自開票和代開票納稅人認定。

　　同時符合一下六個條件的納稅人為自開票納稅人：（一）具有工商行政管理部門核發的營業執照，地方稅務局核發的稅務登記證。交通管理部門核發的道路運輸經營許可證、水路運輸許可證；（二）年提供貨物運輸勞務金額在20萬元以上（新辦企業除外）；（三）具有固定的辦公場所。如是租用辦公場所，則租期必須1年以上；（四）在銀行開設結算帳戶；（五）具有自備運輸工具，并提供貨物運輸勞務；（六）帳簿設置齊全，能按發票管理辦法規定妥善保管、使用發票及其他單證等資料，能按財務會計制度和稅務局的要求正確核算營業收入、營業成本、稅金、營業利潤并能按規定向主管地方稅務局正常進行納稅申報和繳納各項稅款。

　　自開票納稅人可以自行開具全國統一的公路、內河貨物運輸發票。

　　個人、承包人、承租人以及掛靠人不得認定為自開票納稅人。

　　除自開票納稅人以外的需要代開票的單位代開貨運發票的單位和個人為代開票納稅人。

　　代開票單位是指主管稅務機關。經省地方稅務局批準也可以委托中介機構代開貨物運輸發票。

　　增值稅一般納稅人取得稅務機關認定為自開票納稅人的聯運單位和物流單位開具的貨物運輸業發票準予計算抵扣進項稅額。準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發票上注明的運費、建設基金和現行規定允許抵扣的其他貨物運輸費用；裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發票應當分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。（國稅發[2004]88）

　　增值稅一般納稅人取得的貨物運輸業發票，可以在自發票開具日90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣（國稅發[2004]88）。這里就改變了以前工業企業在貨物入庫、商業企業在付款后運費發票才允許抵扣增值稅的政策規定。

　　增值稅一般納稅人取得的內海及近海貨物運輸發票，可暫填寫在《增值稅運輸發票抵扣清單》內河運輸欄內。（國稅發[2004]88）

　　目前，對于公路、內河貨運運輸發票的抵扣是按如下程序進行的：

　　在該系統運行初期，由于國稅機關比對系統中的信息采集完全是通過手工方式進行采集的，而且采集的信息量較多，發生錯誤的幾率較大，特別是在采集18位納稅人識別碼時，進行出現由于納稅人或稅務機關采集信息錯誤導致大量貨物運輸發票發生無法抵扣的情況。因此，國家稅務總局在此基礎上，借鑒了金稅三期對于增值稅發票抵扣的相關辦法，對2006年11月1日起，在全國范圍內推行公路、內河貨物運輸發票稅控系統。

　　2006年11月起，除試點地區外的其他省（市）開始推行貨運發票稅控系統，在2006年11月至12月內完成貨運發票稅控系統的推行。2007年1月1日（含）以后全國范圍內停止使用舊版貨運發票，全部啟用新版貨運發票。2007年1月1日（含）以后舊版貨運發票不再作為增值稅的抵扣憑證。自2006年11月1日起，貨運發票稅控系統推行到位的地區，增值稅一般納稅人取得的新版貨運發票，必須通過貨運發票稅控系統認證采集數據，認證相符的新版貨運發票方可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。由于國稅機關的信息采集是直接通過發票上的稅控碼進行電子采集的，因此采集信息的質量得到了明顯提高。

　　由于自2006年11月1日起，全國推行了新辦貨運發票稅控系統，因此，對于新、舊版貨運發票的抵扣問題，國家稅務總局公告[2006]2號規定：一、自2007年1月1日起，增值稅一般納稅人購進或銷售貨物，取得的作為增值稅扣稅憑證的貨運發票，必須是通過貨運發票稅控系統開具的新版貨運發票。納稅人取得的2007年1月1日以后開具的舊版貨運發票，不再作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額。二、納稅人取得的2006年12月31日以前開具的舊版貨運發票暫繼續作為增值稅扣稅憑證，納稅人應在開具之日起90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣進項稅額。自2007年4月1日起，舊版貨運發票一律不得作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額。

　　目前發票認證過程中主要會出現一下幾種情況的認證錯誤：重復認證，是指已經認證相符的同一張貨運發票再次認證。

　　密文有誤，是指貨運發票所列密文無法解譯。認證不符，是指納稅人識別號有誤，或者貨運發票所列密文解譯后與明文不一致。比對不符，是指貨運發票抵扣聯與存根聯數據的開票日期、承運人納稅人識別號、受票人納稅人識別號、運費金額四要素存在不同。不符的優先級次順序為：運費金額、承運人受票人雙方納稅人識別號、受票人納稅人識別號、承運人納稅人識別號、開票日期。缺聯，是指貨運發票稽核系統內有抵扣聯而無對應存根聯并且按規定不需留待下期繼續比對。重號，是指貨運發票稽核系統內存在兩份或者兩份以上相同發票代碼和號碼的抵扣聯。

　　為進一步提高新版貨物運輸發票的抵扣質量，國家稅務總局又先后下文對如何規范開具公路、內河貨物運輸發票進行了詳細的規定：國稅發[2006]67

　　1、《貨運發票》按使用對象不同分為《公路、內河貨物運輸業統一發票》（以下簡稱自開發票）和《公路、內河貨物運輸業統一發票（代開）》（以下簡稱代開發票） 兩種。自開發票由自開票納稅人領購和開具；代開發票由代開單位領購和開具。代開發票由稅務機關代開或者由稅務機關指定的單位代開。納稅人需要代開發票時，應當到稅務機關及其指定的單位辦理代開發票事宜。

　　2、鑒于聯運貨物運輸業務與公路、內河貨物運輸業務內容基本相同，為了便于統一管理，方便納稅人對發票的使用，凡從事貨物運輸業聯運業務的納稅人可領購、使用《貨運發票》。3、《貨運發票》必須采用計算機和稅控器具開具，手寫無效。開票軟件由總局統一開發，免費供納稅人使用。稅控器具及開票軟件使用的具體規定由總局另行通知。

　　4、填開《貨運發票》時，需要錄入的信息除發票代碼和發票號碼（一次錄入）外，其他內容包括：開票日期、收貨人及納稅人識別號、發貨人及納稅人識別號、承運人及納稅人識別號、主管稅務機關及代碼、運輸項目及金額、其他項目及金額、代開單位及代碼（或代開稅務機關及代碼）、扣繳稅額、稅率、完稅憑證（或繳款書）號碼、開票人。在錄入上述信息后，稅控器具按規定程序自動生成并打印的信息包括：機打代碼、機打號碼、機器編號、稅控碼、運費小計、其他費用小計、合計（大寫、小寫）。錄入和打印時應保證機打代碼、機打號碼與印刷的發票代碼、發票號碼相一致。

　　5、為了保證在稽核比對時正確區分收貨人、發貨人中實際受票方（抵扣方、運費扣除方），在填開《貨運發票》時應首先確認實際受票方，并在納稅人識別號前打印“+”號標記。“+”號與納稅人識別號之間不留空格。在填開收貨人及納稅人識別號、發貨人及納稅人識別號、承運人及納稅人識別號、主管稅務機關及代碼、代開單位及代碼（或代開稅務機關及代碼）欄目時應分二行分別填開。

　　6、《貨運發票》應如實一次性填開，運費和其他費用要分別注明。“運輸項目及金額”欄填開內容包括：貨物名稱、數量（重量）、單位運價、計費里程及金額等：“其他項目及金額”欄內容包括：裝卸費（搬運費）、倉儲費、保險費及其他項目和費用。備注欄可填寫起運地、到達地和車（船）號等內容。7、開具《貨運發票》時應在發票聯左下角加蓋財務印章或發票專用章或代開發票專用章；抵扣聯一律不加蓋印章。

　　8、稅控器具根據自開票納稅人和代開單位錄入的有關開票信息和設定的參數，自動打印出××× 位的稅控碼；稅控碼通過稅控收款機管理系統可以還原成設定參數的打印信息。打印信息不完整及打印信息與還原信息不符的，為無效發票，國稅機關在審核進項稅額時不予抵扣。

　　在采取了以上措施后，實際工作中還是出現了大量貨運發票比對不符和情況。針對貨運發票稅控系統出現的問題，國家稅務總局又通過國稅函[2007]315號文進一步對規范開票的行為進行明確：1、貨運發票打印要正確、完整（一）貨運發票開具不規范、發票票面內容未打印在對應區域內、打印偏移和傾斜，會導致國稅機關無法對抵扣聯進行自動掃描認證，增加國稅機關的認證工作量并給納稅人帶來不便。開票單位要按要求正確地打印貨運發票。（二）《公路、內河貨物運輸業統一發票》的稅控碼為144位，票面打印4行每行36位符號，《公路、內河貨物運輸業統一發票（代開）》的稅控碼為180位，票面打印為5行每行36位符號。發票開票單位應正確地設置打印機和頁邊距，確保稅控碼打印完整。

　　2、抵扣聯一律不加蓋印章《國家稅務總局關于使用新版公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》（國稅函[2006]67號）第五條第（六）款明確要求“抵扣聯一律不加蓋印章”。目前，部分地區未嚴格執行國稅函[2006]67號文件要求，在《公路、內河貨物運輸業統一發票》和《公路、內河貨物運輸業統一發票（代開）》抵扣聯上加蓋各種印章，要立即糾正。

　　3、關于主管稅務機關代碼貨運發票抵扣聯上加蓋的印章，或者印章上的主管稅務機關代碼與抵扣聯票面上實際打印的主管稅務機關代碼的不一致，與認證無關，國稅機關應受理此類發票的認證業務。按照稅務總局技術一體化的思路，貨運發票稅控系統同時支持9位和11位的主管稅務機關代碼，《公路、內河貨物運輸業統一發票》和《公路、內河貨物運輸業統一發票（代開）》可能出現9位或11位的主管稅務機關代碼，對11位主管稅務機關代碼發票國稅機關不得拒絕認證。關于稅務機關代碼的新編制規則及使用要求，稅務總局近期將發文明確。

　　4、提高貨運發票的掃描認證效率由于發票開具、保管不規范和掃描識別率不高等原因，貨運發票抵扣聯掃描后某些項內容可能識別有誤，系統用紅色突出顯示異常項，操作人員應人工干預。對于無法認證的發票，特別是稅控碼打印不完整的發票，國稅機關應退還發票并要求納稅人重新開具。稅務總局將不斷改進和完善貨運發票稅控系統，盡快提高貨運發票掃描識別率，增強系統的易用性。

　　[實務問題]以上說明的這些內容，主要是提醒增值稅一般納稅人，在取得公路、內河貨物運輸發票時，應按上述要求對發票進行必要的審核，不要到申請抵扣時發現不符合要求再退票重開導致不必要的麻煩。審核時應注意以下幾個問題：1、發票的真偽。判斷發票真偽是一般納稅人取得貨運發票時首先要注意的問題。對于發票真偽，首先要看一下發票的質量，是否有水印。開票單位資格是否符合規定，比如對于自開票納稅人，要先審核一下該單位是否有稅務機關認定的自開票資格證書。對于代開票，一種是稅務機關代開，要審核一下稅務機關名稱是否正確，必要時可打電話詢問一下。對于代開票中介單位，一定要審核是否有省級稅務機關批準的證書。同時，根據自開票納稅人認定條件，如果一般納稅人取得是是個人自行開具的貨運發票，肯定是假票，因為個人不得認定為自開票納稅人。這些都是一些常識性問題，大家要注意，不要因為取得假票而發生不必要損失。目前，實行貨運發票稅控后，假票現象得到了有效的遏制，但一般納稅人還是要注意。

　　2、檢查一下發票信息是否填開完整。具體內容如：開票日期、收貨人及納稅人識別號、發貨人及納稅人識別號、承運人及納稅人識別號、主管稅務機關及代碼、運輸項目及金額、其他項目及金額、代開單位及代碼（或代開稅務機關及代碼）、扣繳稅額、稅率、完稅憑證（或繳款書）號碼、開票人以及機器自行生成的機打代碼、機打號碼、機器編號、稅控碼、運費小計、其他費用小計、合計（大寫、小寫）。

　　3、運費金額和雜費金額一定要分開填寫。這一點大家一定要注意。因為，一般納稅人取得的運費發票只能抵扣運費和建設基金，雜費是不能抵扣的。很多貨運單位為圖方便，直接開運雜費，導致一般納稅人無法抵扣增值稅的情況。因此，一般納稅人在取得貨運發票時，一定要注意運費和雜費是否分開填寫，如果沒有應當時就要求貨運單位重開發票。

 

　　4、抵扣聯不要加蓋印章。很多貨運單位開開具貨運發票時，在發票聯和抵扣聯上都加蓋發票專用章或財務專用章。而根據國稅函[2006]67號第五條第（六）款明確要求“抵扣聯一律不加蓋印章，這就導致納稅人取得加蓋印章的運費發票抵扣聯后，國稅機關不給抵扣。因此，一般納稅人在取得貨運發票抵扣聯時要注意，不要加蓋印章。

　　5、仔細核對發票信息是否正確。特別是發票金額，收貨人名稱及納稅人識別號、發貨人名稱及納稅人識別號、承運人名稱及納稅人識別號，特別是納稅人識別碼，由于位數較多容易發生錯誤。

　　為進一步加強公路、內河貨物運輸業發票稅控系統開具貨運發票的增值稅抵扣管理，對國稅機關在認證、稽核發現的涉嫌違規貨運發票處理有關問題，國稅函[2007]722號文明確規定：

　　1、屬于“認證不符”中“納稅人識別號認證不符（發票所列受票方納稅人識別號與申報認證企業的納稅人識別號不符）”、“發票代碼號碼認證不符（機打代碼或號碼與發票代碼或號碼不符）”的貨運發票，不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證。稅務機關應將貨運發票原件退還企業，并告知其認證發現的問題類型，企業應要求開票方重新開具。

　　2、屬于“重復認證”、“密文有誤”和“認證不符（不包括發票代碼號碼認證不符和納稅人識別號認證不符）”的貨運發票， 暫不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證，稅務機關應扣留原件，移送稽查部門作為案源進行查處。屬于稽核發現涉嫌違規的貨運發票，暫不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證，由管理部門按照審核檢查的有關規定進行核查和處理。

　　經稽查部門檢查或管理部門審核檢查確認屬于稅務機關操作問題以及技術性問題造成的，允許作為增值稅進項稅額抵扣憑證；不屬于稅務機關操作問題以及技術性問題造成的，不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證。屬于國稅機關操作問題及技術性問題的，分別由誤操作的相關部門或技術主管部門核實后，由區縣稅務機關出具書面證明；屬于地稅機關操作問題及技術性問題的，分別由誤操作的相關部門或技術主管部門核實后，由區縣地稅機關按照有關規定回函，同時出具書面證明。（五）內海、近海運輸發票根據國稅發[2004]88號文的規定：在中華人民共和國境內提供公路、內河貨物運輸勞務（包括內海及近海貨物運輸）的單位和個人適用《貨物運輸業營業稅征收管理辦法》（以下簡稱《試行辦法》）。因此，從事內海、近海貨運運輸的納稅人也是比照公路、內河貨物運輸納稅人管理，其增值稅抵扣問題同公路、內河貨運發票，這里就不再詳細敘述了。

　　（六）遠洋運輸發票遠洋運輸發票屬于國際貨物運輸發票，根據財稅[2005]165號的規定，對于國際貨物運輸發票是不準抵扣增值稅進項稅的，即企業發生的中國境外的運輸費用是不能抵扣增值稅的。

                                                           中國財務總監網(www.chinacfo.net)整理