在營改增試點運行過程中，各方陸續反映了一些政策執行中出現的操作問題有待統一和明確。為此，稅務總局制定了《國家稅務總局關于進一步明確營改增有關征管問題的公告》，明確了十個方面的問題：
　　一是納稅人銷售活動板房、機器設備、鋼結構件等自產貨物的同時提供建筑、安裝服務，明確不屬于混合銷售，應分別核算貨物和建筑服務的銷售額，分別適用不同的稅率或者征收率。
　　二是明確了建筑企業簽訂建筑合同后以內部授權或者三方協議等方式，授權其集團內其他單位提供建筑服務的，在業務流、資金流、發票流“三流”不完全一致的情況下，如何計算繳納增值稅并開具發票。
　　三是明確了納稅人在同一地級行政區范圍內跨縣（市、區）提供建筑服務的，不實行《納稅人跨縣（市、區）提供建筑服務增值稅征收管理暫行辦法》中異地預征的征管模式。
　　四是明確甲方無論是自行采購電梯交給電梯企業（一般納稅人，下同）安裝，還是從電梯企業采購電梯并由其安裝，電梯企業提供的安裝服務均可以按照甲供工程選擇適用簡易計稅方法計稅。同時，對電梯進行日常清潔、潤滑等保養服務，應按現代服務適用6%的稅率計稅。
　　五是統一政策口徑，明確了納稅人提供的植物養護服務，按照“其他生活服務”繳納增值稅。
　　六是明確了銀行卡跨機構資金清算業務中各涉稅主體如何計算繳納增值稅以及發票開具等問題。
　　以典型的POS機刷卡消費為例（注：相關費用金額均為假設），消費者（持卡人）在商場用銀行卡刷卡1000元購買了一臺咖啡機，要實現貨款從消費者的銀行卡賬戶劃轉至商戶賬戶，商戶需要與收單機構（在商戶安裝刷卡終端設備的單位）簽訂服務協議，并向其支付服務費。除收單機構外，此過程中還需要清算機構（中國銀聯）和發卡機構（消費者所持銀行卡的開卡行）提供相關服務并同時收取服務費。涉及的資金流為：（1）刷卡后，消費者所持銀行卡的發卡機構從其卡賬戶中扣除咖啡機全款1000元；（2）發卡機構就這筆業務收取發卡行服務費6元，并需向清算機構支付網絡服務費1元，因此，發卡機構扣除自己實際獲得的5元（6-1=5）后，將貨款余額995元（1000-5=995）轉入清算機構；（3）清算機構扣減自己應分別向收單機構和發卡機構收取的網絡服務費（各1元）后，將剩余款項993元（995-1-1=993）轉入收單機構；（4）收單機構扣減自己實際獲得的收單服務費3元，將剩余款項轉入商戶；（5）最終，商戶獲得咖啡機銷售款，并支付了10元手續費，最終收到990元。
      在上述業務中，發卡機構應以6元為銷售額，并向清算機構開具6元增值稅發票，同時，可向清算機構索取1元增值稅發票用于進項稅抵扣；清算機構應以8元為銷售額，并向發卡機構開具1元增值稅發票，向收單機構開具7元增值稅發票，同時，可向發卡機構索取6元增值稅發票用于進項稅抵扣；收單機構應向商戶開具10元增值稅發票，并可向清算機構索取7元增值稅發票用于進項稅抵扣。
　　七是為回應納稅人訴求，明確在符合規定的前提下，將納稅人補開增值稅發票的時間延長至2017年12月31日。納稅人2016年5月1日前發生的營業稅涉稅業務，需要補開發票的，可于2017年12月31日前開具增值稅普通發票（稅務總局另有規定的除外）。需要補開發票的情形主要有：
　　（一）已申報營業稅，未開具發票的；
　　（二）已申報營業稅，已開具發票，發生銷售退回或折讓、開票有誤、應稅服務中止等情形，需要開具紅字發票或重新開具發票的；
　　（三）已補繳營業稅稅款，未開具發票的。
　　八是進一步優化納稅服務，縮短辦理增值稅專用發票最高開票限額的審批時限。實行實名辦稅的地區，已由稅務機關現場采集法定代表人（業主、負責人）實名信息的納稅人，申請增值稅專用發票最高開票限額不超過十萬元的，主管國稅機關由受理申請之日起20個工作日內辦結提速至2個工作日內辦結，有條件的主管國稅機關即時辦結。
　　九是將建筑業納入增值稅小規模納稅人自行開具增值稅專用發票試點范圍。
　　十是將現行增值稅專用發票、機動車銷售統一發票以及海關進口增值稅專用繳款書的認證、確認或申請稽核比對的時限由180日放寬至360日。