進出保稅港區的貸物直接涉及的稅種主要包括：關稅、進口環節稅（海關代征進口增值稅）及出口退（免）稅，除此之外還包括一些其他方面的稅收政策。

　　一、關稅與進口環節稅

　　1、除法律、行政法規另有規定外，從境外，區外進入區內生產性的基礎設施建設項目所需的機器、設備和建設生產廠房、倉儲設施所需的基建物資；區內企業生產所需的機器、設備、模具及其維修用零配件；區內企業和行政管理機構自用合理數量的辦公用品，海關免征進口關稅和進口環節海關代征稅。

　　2、從境外，區外進入區內，供區內企業和行政管理機構自用的交通運輸工具、生活消費用品，海關按照有關規定征收進口關稅和進口環節海關代征稅。

　　3、從保稅港區運往境外的貨物免征出口關稅，但法律、行政法規另有規定的除外。

　　4、海關對于保稅港區與其他海關特殊監管區域或者保稅監管場所之間往來的貨物，實行保稅監管，不征收進出口環節的有關稅收。

　　二、出口退（免）稅

　　進口保稅港區的貨物，無論是從區內到境外，還是區外到區內或者是區內到區外的出口退（免）稅政策，應參照《國家稅務總局關于洋山保稅港區等海關監管特殊區域有關稅收問題的通知》（國稅函［2006］1226號）執行。該文件規定：“洋山保稅港區（簡稱港區）和珠澳跨境工業區珠海園區（簡稱園區）享受出口加工區的稅收政策，即國內貨物進入港區或園區視同出口，實行退稅，港區或園區內企業的貨物交易不征收增值稅、消費稅。具體政策比照《國家稅務總局關于印發（出口加工區稅收管理暫行辦法）的通知》（國稅發[2000]155號）和《國家稅務總局關于出口加工區耗用水、電、氣準予退稅的通知》（國稅發[2002]116號）、《國家稅務總局關于蕪湖出口加工區基建物資出口退稅的批復》（國稅函[2004]805號）的有關規定執行?！庇纱丝梢钥闯?，保稅港區享受保稅區、保稅物流園區、出口加工區相關的稅收和外匯管理政策。主要包括：

　　1、境外貨物物進入港區實行保稅。

　　2、區外的國內貨物進入港區視同出口，對符合退（免）稅條件的貨物實行退（免）稅。如，區外企業銷售給區內企業，并運入供區內企業使用的國產設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料、以及建造基礎設施，區內企業和行政管理部門生產、辦公用房的基建物資（不包括水、電、氣）等。區外企業可憑海關簽發的出口貨物報關單（出口退稅專用）和其他現行規定的出口退稅賃證，向國稅機關申報辦理退（免）稅。對區外企業銷售并運入區內的貨物（不包括水、電、氣），一律開具出口銷售發票，不得開具增值稅專用發票或普通發票。

　　3、區內企業生產出口貨物所耗用的水、電、氣，準予退還所含的增值稅。區外企業銷售并輸入給區內企業的水、電、氣，一律向區內企業開具增值稅專用發票，不得開具普通發票或出口專用發票。區內企業憑此依據向國稅機關申報辦理退（免）稅。
應退稅額=增值稅專用發票注明的進項金額×退稅稅率（現行）

　　如供應單位按簡易辦法征收增值稅的，退稅率為征收率。

　　區內企業從區外購進的水、電、氣，凡用于出租、出讓廠房的，不預辦理退稅。已辦理退稅的，區內企業應在出租、出讓行為發生的次月，向主管出口退稅的國稅機關申報并繳納已退還的稅款。

　　4、區外企業銷售給區內企業、行政管理部門并運入區內供其使用的生活消費用品、交通運輸工具，或者區外企業從境外進口再運入港區內的貨物，海關不予簽發出口貨物報關單（出口退稅專用），國稅機關不予辦理退（免）稅。

　　5、區內企業委托區外企業進行產品加工，一律不予退（免）稅。但對區內企業檢測、維修完畢運回的機器、設備、模具和辦公用品等，有更換新零物、配件或者附件需要退稅的，可以憑海關簽發出口貨物報關單證明聯等其他資料向國稅部門申報退（免）稅。

　　6、區內貨物進入國內銷售，按貨物進口的有關規定辦理報關，并對報關的貨物征收增值稅、消費稅；如區外的出口企業開展加工貿易，若進口料件是從區內企業購進的，可按現行的進料加工和來料加工稅收政策執行。

　　7、區內企業之間的貨物交易不征增值稅和消費稅，對區內企業在區內加工、生產的貨物，凡屬于貨物直接出口和銷售給區內企業的，免征增值稅、消費稅。對區內企業出口到境外或國內的貨物，不予辦理退稅。

　　三、區內企業適用的其他稅收政策

　　1、區內企業按現行有關法律法規，規章應當繳納地方規定的各種稅收。

　　2、區內的內資企業按國家現行企業所得稅法依法納稅，外商投資企業比照現行有關經濟技術開發區的所得稅政策規定執行。

　　3、對采取弄虛作假等手段騙取退（免）稅的，應按《中華人民共和國稅收征收管理法》等有關規定予以處罰。

　　從以上稅收政策看出，保稅港區所適用的稅收政策疊加了保稅區、保稅物流園區和出口加工區的政策優勢，為實現我國自由流通港區的綜合發展與前景開拓提供了便利。