三、簡政放權方面
　　(一) 青島、南京海關下屬事業單位或企業運用政務平臺系統數據等，經營與海關履職相關業務向企業收費。南京海關數據分中心下屬江蘇知貿網絡科技有限公司、青島海關數據分中心(以下分別簡稱江蘇知貿公司、青島數據分中心)通過“知貿通”、“通關一點通”等軟件，在代理報關企業按海關要求傳輸數據時，向企業提供規范化檢查、數據校驗等服務，并分別以每單最高12元、20元的標準向企業收費。其中，數據校驗服務需要利用中國電子口岸平臺等政務系統數據與之進行比對，且通過中國電子口岸政務平臺服務器和線路傳輸。2014年，江蘇知貿公司向代理報關企業提供上述服務收費涉及的報關單數占該關區同期報關單量的89%，2014年至2015年10月獲得上述服務收入14015.3萬元，收費業務利潤率68.89%，并向南京海關數據分中心等股東單位分紅7700萬元(該企業股東均為南京海關所屬單位或企業)；青島關區內實際只有青島數據分中心從事上述收費業務，2015年1月至10月該中心獲得上述服務收入5346.2萬元，收費業務利潤率60.88%，并向青島海關上繳4100萬元。
　　(二) 全國中小企業股份轉讓系統收費增加中小企業負擔。2014年7月，全國中小企業股份轉讓系統設立面向掛牌企業的“掛牌儀式服務費”，對掛牌企業設定不同的收費檔次，包括“基礎套餐4萬元、經濟套餐6萬元、精品套餐8萬元”。截至2015年10月末，共收取掛牌儀式服務費4119.9萬元。期間因提供掛牌儀式服務而實際發生的直接支出為376萬元。 
　　(三) 河南省信陽、開封、三門峽3市的城建檔案館違規向建設單位收取城建檔案保管費2587.56萬元。城建檔案管理部門屬住房城鄉建設或城市規劃部門的直屬事業單位，負責城市建設工程資料的收集、整理、登記、編目與保管工作。抽查發現，信陽、開封和三門峽3市的城建檔案館違反《國家檔案局關于嚴格執行財政部發展改革委關于取消利用檔案收費規定的通知》(檔發〔2013〕3號)“全國各級檔案部門(含各級各類檔案館)必須嚴格按照《通知》要求，立即停止所有利用檔案收費，不得以任何理由拖延或者拒絕執行”的要求，對必須移交其保管的、不應收費的城建檔案，自2014年1月至2015年10月末，向301家建設單位一次性預收10年至50年的檔案保管費共計2587.56萬元。 
　　(四) 山東省將企業預繳散裝水泥專項資金作為辦理行政許可前置條件，且超規定比例將專項資金用于人員經費支出。山東省2003年出臺的《山東省散裝水泥專項資金征收和使用實施細則》將預繳散裝水泥專項資金作為建設單位辦理規劃、施工許可證的前置條件，占壓了企業資金。2011年至2014年，山東省散裝水泥專項資金支出24103.8萬元，其中人員經費支出11785.39萬元，占48.89%，不符合財政部、原國家經貿委《散裝水泥專項資金征收和使用管理辦法》(財綜〔2002〕23號)“散裝水泥、預拌混凝土等生產性開支不得少于當年散裝水泥專項資金支出總額90%”的規定。 
　　四、資金管理方面
　　(一) 遼寧省個別企業弄虛作假申請中央補助資金3323萬元。一是2014年9月，鐵嶺市佳信城市建設投資有限公司向國家發展改革委申請東北城區老工業區搬遷改造專項資金。所申請項目已于2012年4月進行開發并完成主體工程建設，但由于遼寧省鐵嶺市銀州區發展改革局審核把關不嚴，該項目投資計劃于2014年10月獲得批復。2014年12月，鐵嶺市財政局將中央預算內資金2723萬元撥付至鐵嶺市銀州區財政局。截至2015年11月，中央資金2723萬元已閑置10個月。二是鐵嶺天實機械有限公司用設計功能為食堂、宿舍、會議室且主體已完工的綜合樓申報研發中心項目，申請東北城區老工業區搬遷改造專項資金600萬元。由于遼寧省鐵嶺市銀州區發展改革局審核把關不嚴，項目投資計劃于2015年7月獲得批復。2015年9月，該資金已撥付至鐵嶺市財政局。 
　　(二) 吉林省大安市交通運輸局以已建成公路申請新建公路中央專項資金5721萬元。2013年8月，為緩解地方財政壓力、償還已建成公路工程款等，吉林省大安市交通運輸局將2012年已建成的9.54公里縣級公路以新建公路列入2014年申報計劃，吉林省交通運輸廳等部門審核把關不嚴，于2014年9月獲得中央專項資金5721萬元。截至2015年10月，上述資金已由吉林省財政廳撥付至省交通運輸廳，尚未撥付至大安市交通運輸局。 
　　(三) 財政部下達投資計劃預算指標過晚，影響地方項目建設進度。2015年7月21日，財政部收到國家發展改革委要求下達2015年煤礦安全改造項目和煤礦重大災害治理示范工程項目中央預算內投資199882萬元的特急文件，其中中央本級預算支出7967萬元，專項轉移支付191915萬元。財政部10月15日才印發文件一并下達上述199882萬元，距收到投資計劃相隔86天。抽查黑龍江省發現，黑龍江省7月23日收到中央投資計劃、10月26日收到中央預算文件，相隔95天，相關工作進展受到影響。 
　　(四) 2015年度水污染防治專項資金落實到具體項目緩慢，資金大量結存在地方財政部門。2015年7月，財政部下達17個省市2015年水污染防治專項資金預算50億元，要求各省市按照相關規定將專項資金安排到具體項目。2015年7月28日，環境保護部、財政部辦公廳發文要求有關省市于2015年8月20日前報送《水污染防治專項2015年度實施方案》，兩部門2015年9月底組織專家對相關省市報送的方案及相關水體的年度實施方案進行技術指導，至11月5日，環境保護部向有關省市轉發水污染防治專項實施方案技術指導意見，要求有關省市組織相關地市政府修改完善并批復相應水體實施方案。抽查江蘇省、陜西省發現，截至2015年11月10日，7.51億元專項資金仍未落實到具體項目。 
　　(五) 16.46億元國有資本經營預算資金長期結存未按計劃使用。審計抽查了13戶國資委管理的中央企業2013年及以前年度國有資本預算使用情況，截至2015年10月底，有16.46億元未按計劃使用完畢，涉及9家企業的11個項目。其中：因項目選址變更、項目實施方案調整等原因導致項目實施進度慢未使用資金13.92億元，因項目無法實現預期效益等原因導致項目停止實施未使用資金2.54億元。上述資金結存時間1年以上2年以下的10.78億元，2年以上的5.68億元。