一、公告出臺背景
　　為加大對科技型企業特別是中小企業的政策扶持，有力推動大眾創業、萬眾創新，培育創造新技術、新業態和提供新供給的生力軍，促進經濟升級轉型升級，2016年，科技部、財政部、稅務總局聯合下發了《關于修訂印發<高新技術企業認定管理辦法>的通知》（國科發火〔2016〕32號，以下簡稱《認定辦法》）及配套文件《關于修訂印發<高新技術企業認定管理工作指引>的通知》（國科發火〔2016〕195號，以下簡稱《工作指引》）。
　　《認定辦法》和《工作指引》出臺后，《國家稅務總局關于實施高新技術企業所得稅優惠有關問題的通知》（國稅函〔2009〕203號，以下簡稱“203號文件”）作為與原《認定辦法》和《工作指引》相配套的稅收優惠管理性質的文件，其有關內容需要適時加以調整和完善，以實現高新技術企業認定管理和稅收優惠管理的有效銜接，保障和促進高新技術企業優惠政策的貫徹落實。為此，特制定本公告。
　　二、公告主要內容
　　（一）明確高新技術企業享受優惠的期間
　　根據企業所得稅法的規定，企業所得稅按納稅年度計算，因此高新技術企業也是按年享受稅收優惠。而高新技術企業證書上注明的發證時間是具體日期，不一定是一個完整納稅年度，且有效期為3年。這就導致了企業享受優惠期間和高新技術企業認定證書的有效期不完全一致。為此，公告明確，企業獲得高新技術企業資格后，自其高新技術企業證書注明的發證時間所在年度起申報享受稅收優惠，并按規定向主管稅務機關辦理備案手續。例如，A企業取得的高新技術企業證書上注明的發證時間為2016年11月25日，A企業可自2016年度1月1日起連續3年享受高新技術企業稅收優惠政策，即，享受高新技術企業稅收優惠政策的年度為2016、2017和2018年。
　　按照上述原則，高新技術企業認定證書發放當年已開始享受稅收優惠，則在期滿當年應停止享受稅收優惠。但鑒于其高新技術企業證書仍有可能處于有效期內，且繼續取得高新技術企業資格的可能性非常大，為保障高新技術企業的利益，實現優惠政策的無縫銜接，公告明確高新技術企業資格期滿當年內，在通過重新認定前，其企業所得稅可暫按15%的稅率預繳，在年底前仍未取得高新技術企業資格的，則應按規定補繳稅款。如，A企業的高新技術企業證書在2019年4月20日到期，在2019年季度預繳時企業仍可按高新技術企業15%稅率預繳。如果A企業在2019年年底前重新獲得高新技術企業證書，其2019年度可繼續享受稅收優惠。如未重新獲得高新技術企業證書，則應按25%的稅率補繳少繳的稅款。
　　（二）明確稅務機關日常管理的范圍、程序和追繳期限
　　在《認定辦法》第十六條基礎上，公告進一步明確了稅務機關的后續管理，主要有以下幾點：
　　一是明確后續管理范圍。《認定辦法》出臺以后，稅務機關和納稅人對高新技術企業在享受優惠期間是否需要符合認定條件存在較大的爭議。經與財政部、科技部溝通，《認定辦法》第十六條中所稱“認定條件”是較為寬泛的概念，既包括高新技術企業認定時的條件，也包括享受稅收優惠期間的條件。因此，公告將稅務機關后續管理的范圍明確為高新技術企業認定過程中和享受優惠期間，統一了管理范圍，明確了工作職責。
　　二是調整后續管理程序。此前，按照203號文件的規定，稅務部門發現高新技術企業不符合優惠條件的，可以追繳高新技術企業已減免的企業所得稅稅款，但不取消其高新技術企業資格。按照《認定辦法》第十六條的規定，公告對203號文件的后續管理程序進行了調整，即，稅務機關如發現高新技術企業不符合認定條件的，應提請認定機構復核。復核后確認不符合認定條件的，由認定機構取消其高新技術企業資格后，通知稅務機關追繳稅款。
　　三是明確追繳期限。為統一執行口徑，公告將《認定辦法》第十六條中的追繳期限“不符合認定條件年度起”明確為“證書有效期內自不符合認定條件年度起”，避免因為理解偏差導致擴大追繳期限，切實保障納稅人的合法權益。
　　（三）明確高新技術企業優惠備案要求
　　《認定辦法》和《工作指引》出臺后，認定條件、監督管理要求等均發生了變化，有必要對享受優惠的備案資料和留存備查資料進行適當調整。公告對此進行了明確。在留存備查資料中，涉及主要產品（服務）發揮核心支持作用的技術所屬領域、高新技術產品（服務）及對應收入、職工和科技人員、研發費用比例等相關指標時，需留存享受優惠年度的資料備查。
　　（四）明確執行時間和銜接問題
　　一是考慮到本公告加強了高新技術企業稅收管理，按照不溯及既往原則，明確本公告適用于2017年度及以后年度企業所得稅匯算清繳。二是《認定辦法》自2016年1月1日起開始實施。但按照《科技部 財政部 國家稅務總局關于印發<高新技術企業認定管理辦法>的通知》(國科發火〔2008〕172號)認定的高新技術企業仍在有效期內。在一段時間內，按不同認定辦法認定的高新技術企業還將同時存在，但認定條件、監督管理要求等并不一致。為公平、合理起見，公告明確了“老人老辦法，新人新辦法”的處理原則，以妥善解決新舊銜接問題。即按照《認定辦法》認定的高新技術企業按本公告規定執行，按國科發火〔2008〕172號文件認定的高新技術企業仍按照203號文件和《國家稅務總局關于發布〈企業所得稅優惠政策事項辦理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2015年第76號）的有關規定執行。三是明確《國家稅務總局關于高新技術企業資格復審期間企業所得稅預繳問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第4號）廢止。