對查補的增值稅的賬務處理，可參照《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人發生偷稅行為如何確定偷稅數額和補稅罰款的通知》（國稅發〔１９９８〕６６號）及《增值稅日常稽查辦法》（國稅發［１９９８］４４號）的有關規定進行處理。《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人發生偷稅行為如何確定偷稅數額和補稅罰款的通知》（國稅發〔１９９８〕６６號）第二條規定："關于稅款的補征：偷稅款的補征入庫，應當視納稅人不同情況處理，即：根據檢查核實后一般納稅人當期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵稅額），重新計算當期全部應納稅額，若應納稅額為正數，應當作補稅處理，若應納稅額為負數，應當核減期末留抵稅額。"《增值稅日常稽查辦法》（國稅發［１９９８］４４號）規定："增值稅檢查調賬方法：增值稅檢查后的賬務調整，應設立"應交稅金??增值稅檢查調整"專門賬戶。凡檢查后應調減賬面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記有關科目，貸記應交稅金--增值稅檢查調整；凡檢查后應調增賬面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記應交稅金-增值稅檢查調整，貸記有關科目；全部調賬事項入賬后，應結出本賬戶的余額，并對該余額進行處理：

    1、若余額在借方，全部視同留抵進項稅額，按貸方余額數

    借：應交稅金--應交增值稅（進項稅額）

          貸：應交稅金--增值稅檢查調整

    ２．若余額在貸方，且"應交稅金-應交增值稅"賬戶無余額，按貸方余額數，

    借：應交稅金--增值稅檢查調整

          貸：應交稅金--未交增值

    ３．若本賬戶余額在貸方，"應交稅金--應交增值稅"賬戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數，

    借：應交稅金-增值稅檢查調整

          貸：應交稅金--應交增值稅

    ４．若本賬戶余額在貸方，"應交稅金--應交增值稅"賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個賬戶的余額沖出，

    借：應交稅金--增值稅檢查調整

          貸：應交稅金--應交增值稅

      上述賬務調整應按納稅期逐期進行。