據了解，增值稅抵扣憑證主要包括增值稅專用發票、稅務機關為小規模納稅人代開的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票、廢舊物資發票。涉及增值稅抵扣憑證稅收違法案件的協查是指各級稅務機關稽查局在案件檢查過程中，案發地稽查局將檢查發現有疑問或者已確定虛開的增值稅抵扣憑證及相關信息發送給涉案地稽查局，涉案地稽查局對增值稅抵扣憑證所記載的經濟事項和反映的經濟活動進行檢查處理、取得相關證據并反饋協查結果的工作。此次國家稅務總局對以往有關稅收違法案件協查工作的規范性文件進行了修訂和整合，依據《稅收征管法》及相關法律法規，制定了《增值稅抵扣憑證協查管理辦法》。該辦法指出，協查工作由稽查局負責完成。除另有規定外，涉案發票的票面合計金額在1000萬元以上不滿5000萬元的，由市（州）稽查局組織協查；票面合計金額在5000萬元以上不滿1億元的，由省、直轄市、自治區和計劃單列市稽查局組織協查；票面合計金額在1億元以上的，由國家稅務總局稽查局組織協查。

　　《辦法》規定了委托協查管理、受托協查管理、監控管理、系統管理、資料管理的具體管理事項。海關進口增值稅專用繳款書和農副產品收購發票也適用該辦法。