與原《規程》相比較，新《規程》對稅務稽查的基本任務、主要職責、原則要求、工作步驟、工作紀律等方面規定的更加明確、具體、科學。

　　任務明確職責擴大

　　新《規程》第二條規定：“稅務稽查的基本任務，是依法查處稅收違法行為，保障稅收收入，維護稅收秩序，促進依法納稅。”“稽查局主要職責，是依法對納稅人、扣繳義務人和其他涉稅當事人履行納稅義務、扣繳義務情況及涉稅事項進行檢查處理，以及圍繞檢查處理開展的其他相關工作。”新《規程》對稅務稽查局的職責增加了對“其他涉稅當事人的涉稅事項進行檢查處理”，同時稅務稽查局除“檢查處理”外，還要求“圍繞檢查處理開展其他相關工作”。稅務稽查的職權有所擴大，對稽查工作的要求有所提高。

　　原則要求更加規范

　　新《規程》延續了“選案、檢查、審理和執行分工制約原則”、“以事實為根據，以法律為準繩原則”、“回避原則”、“依靠人民群眾，加強與有關部門、單位的聯系和配合原則”等一些基本原則外，第三條、第六條還分別增加了“堅持公平、公開、公正、效率的原則”、“保密原則”，同時明確，“納稅人、扣繳義務人的稅收違法行為不屬于保密范圍。” 新《規程》還明確了上下級稽查局之間、國地稅稽查局之間的關系。

　　強調回避強化紀律

　　一方面新《規程》將稽查人員的回避制度放在“總則”中，體現了 “回避”制度貫穿于稽查工作的始終，。新《規程》第七條規定：“稅務稽查人員有《稅收征管法細則》規定回避情形的，應當回避。”另一方面，新《規程》增加了對稅務稽查工作的工作紀律要求。新《規程》第八條規定了稅務稽查人員應當遵守工作紀律，恪守職業道德，不得作為的八種行為。“稅務稽查人員在執法辦案中濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊的，依照有關規定嚴肅處理；涉嫌犯罪的，依法移送司法機關處理。”

　　實施分級分類稽查

　　新《規程》增加了分級分類稽查的內容。第十二條規定，稽查局應充分利用稅源管理和稅收違法情況分析成果，并結合本地實際，按照（一）納稅人生產經營規模、納稅規模；（二）分地區、分行業、分稅種的稅負水平；（三）稅收違法行為發生頻度及輕重程度；（四）稅收違法案件復雜程度；（五）納稅人產權狀況、組織體系構成；（六）其他合理的分類標準等六個方面在管轄區域范圍內實施分級分類稽查。

　　四個環節更加詳細

　　新《規程》分章用大量篇幅，增加了大量條款對稅務稽查程序、要求等作了詳細的規定，體現了稅務稽查工作中程序的重要性。

　　新《規程》第五條規定：“稽查局查處稅收違法案件時，實行選案、檢查、審理、執行分工制約原則。”“稽查局設立選案、檢查、審理、執行部門，分別實施選案、檢查、審理、執行工作。”即稅務稽查具體工作步驟包含選案、檢查、審理、執行等四個環節。

　　一、選案。選擇和確定稅務稽查對象是稅務稽查的基礎和重要環節。新《規程》第十四條規定：“稽查局應當通過多種渠道獲取案源信息，集體研究，合理、準確地選擇和確定稽查對象。”第十六條“案源信息主要包括:（一）財務指標、稅收征管資料、稽查資料、情報交換和協查線索；（二）上級稅務機關交辦的稅收違法案件；（三）上級稅務機關安排的稅收專項檢查；（四）稅務局相關部門移交的稅收違法信息；（五）檢舉的涉稅違法信息；（六）其他部門和單位轉來的涉稅違法信息；（七）社會公共信息；（八）其他相關信息。”稽查選案部門應當建立案源信息檔案，并對所獲取案源信息實行分類管理。稽查選案包括人工選案、計算機選案、人機結合選案、舉報、其他部門或是上級轉辦、交辦等。新《規程》第十八條明確了對各級稽查局設立的稅收違法案件中心接收到的檢舉信息處理情形。

　　二、檢查。稅務檢查實施是稅務稽查工作的核心和關鍵環節。稅務檢查必須依照法定權限和程序實施。稅務稽查人員在實施檢查之前，應當查閱被查對象納稅檔案，了解被查對象的生產經營情況、所屬行業特點、財務會計制度、財務會計處理辦法和會計核算軟件，熟悉相關稅收政策，確定相應的檢查方法。除預先通知有礙檢查外，應當提前以書面形式告知被查對象檢查時間需要準備的資料等。檢查應當由兩名以上檢查人員共同實施，并向被查對象出示稅務檢查證和《稅務稽查通知書》。稅務人員在實施稅務稽查時可以根據需要和法定程序采取實地檢查、調取賬簿資料、詢問、查詢存款帳戶或者儲蓄存款和異地協查等方式進行。檢查過程中，檢查人員應當制作《稅務稽查工作底稿》，記錄案件事實，歸集相關證據材料，并簽字、注明日期。

　　實施檢查時，應當依照法定權限和程序，收集能夠證明案件事實的證據材料。收集的證據材料應當真實，并與所證明的事項相關聯。調查取證時，不得違反法定程序收集證據材料；不得以偷拍、偷錄、竊聽等手段獲取侵害他人合法權益的證據材料；不得以利誘、欺詐、脅迫、暴力等不正當手段獲取證據材料。以電子數據的內容證明案件事實的，應當要求當事人將電子數據打印成紙質資料，在紙質資料上注明數據出處、打印場所，注明“與電子數據核對無誤”，并由當事人簽章；以有形載體形式固定電子數據的，應當與提供電子數據的個人、單位的法定代表人或者財務負責人一起將電子數據復制到存儲介質上并封存，同時在封存包裝物上注明制作方法、制作時間、制作人、文件格式及長度等，注明“與原始載體記載的電子數據核對無誤”，并由電子數據提供人簽章。檢查從事生產、經營的納稅人以前納稅期的納稅情況時，發現納稅人有逃避納稅義務行為，并有明顯的轉移、隱匿其應納稅的商品、貨物以及其他財產或者應納稅收入跡象的，經所屬稅務局局長批準，可以依照《稅收征管法》的規定采取稅收保全措施。

　　檢查應當自實施檢查之日起60日內完成；確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準。檢查結束，稅務稽查人員應當認真整理檢查資料，歸集相關證據，計算補退稅款，分析檢查結果，提出處理意見，制作《稅務稽查報告》，并在5個工作日內將《稅務稽查報告》、《稅務稽查工作底稿》及相關證據材料，移交給審理部門審理，并辦理交接手續。

　　新《規程》第四十四、四十五條增加了對檢查過程中遇到的中止、終結檢查處理的程序性規定，便于實際操作。

　　三、審理。新《規程》第四十六條規定對檢查部門移交的《稅務稽查報告》及有關資料，由審理部門和審理人員進行審理。“案情復雜的，稽查局應當集體審理；案情重大的，稽查局應當依照國家稅務總局有關規定報請所屬稅務局集體審理。”

　　稅務稽查審理主要包括被查對象是否準確；違法事實是否清楚、證據是否充分、數據是否準確、資料是否齊全；適用法律、行政法規、規章及其他規范性文件是否適當，定性是否正確；是否符合法定程序；是否超越或者濫用職權；擬定的處理、處罰建議是否適當等內容。

　　新《規程》第四十八條增加了審理部門可以將《稅務稽查報告》及有關資料退回檢查部門補正或者補充調查的五種情形，即（一）被查對象認定錯誤的；（二）稅收違法事實不清、證據不足的；（三）不符合法定程序的；（四）稅務文書不規范、不完整的；（五）其他需要退回補正或者補充調查的。同時，第四十九條還規定“《稅務稽查報告》認定的稅收違法事實清楚、證據充分，但適用法律、行政法規、規章及其他規范性文件錯誤，或者提出的稅務處理、處罰建議錯誤或者不當的，審理部門應當另行提出稅務處理、處罰意見。”

　　新《規程》第五十五條規定審理部門經過審核視不同情形分別作出處理：（一）認為有稅收違法行為，應當進行稅務處理的，擬制《稅務處理決定書》；（二）認為有稅收違法行為，應當進行稅務行政處罰的，擬制《稅務行政處罰決定書》；（三）認為稅收違法行為輕微，依法可以不予稅務行政處罰的，擬制《不予稅務行政處罰決定書》；（四）認為沒有稅收違法行為的，擬制《稅務稽查結論》。第六十條規定稅收違法行為涉嫌犯罪的，填制《涉嫌犯罪案件移送書》，經所屬稅務局局長批準后，依法移送公安機關，并附送相關資料。

　　新《規程》第五十條對審理部門接到檢查部門移交的《稅務稽查報告》及有關資料后至提出審理意見的時間作了調整，由10日內延長為15日內。

　　四、執行。新《規程》第六十一條規定：“執行部門接到《稅務處理決定書》、《稅務行政處罰決定書》、《不予稅務行政處罰決定書》、《稅務稽查結論》等稅務文書后，應當依法及時將稅務文書送達被執行人。”“執行部門在送達相關稅務文書時，應當及時通過稅收征管信息系統將稅收違法案件查處情況通報稅源管理部門。”

　　稅務稽查文書送達后，被查對象未在規定的期限內履行稅務機關作出的法律文書所規定的義務的，經所屬稅務局局長批準，稽查局可以依法采取強制執行措施或者依法申請人民法院強制執行。“被執行人在限期內繳清稅款、滯納金、罰款或者稽查局依法采取強制執行措施追繳稅款、滯納金、罰款后，執行部門應當制作《稅務稽查執行報告》，記明執行過程、結果、采取的執行措施以及使用的稅務文書等內容，由執行人員簽名并注明日期，連同執行環節的其他稅務文書、資料一并移交審理部門整理歸檔。”“執行過程中發現涉嫌犯罪的，執行部門應當及時將執行情況通知審理部門，并提出向公安機關移送的建議。”

　　新《規程》第七十、七十一條增加了對執行過程中遇到的中止、終結執行的程序性規定。

　　案卷保管期限延長

　　新《規程》第七十五條對稅務稽查一般行政處罰的稅收違法案件，案卷保管期限同原來的15年調整為30年。同時，新《規程》第七十七條對稅務稽查案卷移交時間作了明確規定，

　　“稅務稽查案卷應當在立卷次年6月30日前移交所屬稅務局檔案管理部門保管；稽查局與所屬稅務局異址辦公的，可以適當延遲移交，但延遲時間最多不超過2年。”

　　此外，新《規程》第七十九條增加了簽章要求，即（一）屬于法人或者其他組織的，由相關人員簽名，加蓋單位印章并注明日期；（二）屬于個人的，由個人簽名并注明日期。