案例1：2014年，某省稅務稽查局對M公司進行了稅務稽查，M公司是一家有3萬工人的大型國企。2009年之前，該公司每年發放1億元的交通補貼，計入職工福利費項目，《財政部關于企業加強職工福利費財務管理的通知》（財企〔2009〕242號）文件頒布以后，該公司將交通補貼計入工資，并在工資條列示“交通補貼”項目1億元。

稽查局認為按照《國家稅務總局關于企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號文件），交通補貼屬于稅法規定的福利費項目，由于該公司福利費已經超過了工資薪金的14%，因此應全額調增應納稅所得額，補繳稅款2500萬元。

相關政策——國家稅務總局公告2015年第34號 國家稅務總局關于企業工資薪金和職工福利費等支出稅前扣除問題的公告

分析：
    國稅函〔2009〕3號文件第三條第（二）款明文規定：為職工衛生保健、生活、住房、交通等所發放的各項補貼和非貨幣性福利，屬于《企業所得稅法實施條例》第40條規定的福利費項目。在2009年之前，企業發放的交通補貼無論財務處理，還是稅法規定，均列入福利費進項納稅調整，稅會之間沒有發生矛盾。

2009年11月12日，財政部頒布了財企〔2009〕242號文件企業，該文件的第二條規定：為職工提供的交通、住房、通訊待遇，已經實行貨幣化改革的，按月按標準發放或支付的住房補貼、交通補貼或者車改補貼、通訊補貼，應當納入職工工資總額，不再納入職工福利費管理；

該文件頒布后，大型國企按照財政部的規定，將交通補貼納入了工資管理，但是由于國稅函〔2009〕3號文件的存在，財務處理與稅法規定出現了差異。在本案例中出現了以下的模擬對話：

企業財務總監：我們按照財政部的規定，交通補貼計入了工資條管理，且占了我們一塊工資限額，其實我們也不愿意做到工資條里面去，因為如果做到福利費里面，騰出了一塊工資限額，可以給弟兄們多發一塊兒錢啊。國企不是沒有錢，而是發放的每一筆錢都必須有名目才行啊！但是按照242號文件規定，我們只能將交通補貼計入工資條，弟兄們的利益已經受損失了。現在稅務局又要我們從工資中剔除，再繳一塊兒稅。那真是沒天理了，財政打我一巴掌，稅務局再打我一巴掌，左一巴掌，又一巴掌，這不是收稅，這是搶錢吧！

稽查干部：首先，對財務總監的說法，我們深表同情，內心也認可您說的合理性。但是不要忽略財企〔2009〕242號文件第七條第二款同時規定：在計算應納稅所得額時，企業職工福利費財務管理同稅收法律、行政法規的規定不一致的，應當依照稅收法律、行政法規的規定計算納稅。3號文件正是對《企業所得稅法實施條例》第40條的具體規定，因此財務規定與稅法不一致的時候，應該進行納稅調整。

至于，貴總監所說“左一巴掌，又一巴掌”的事兒，那是財政部和總局要求打的，我們只是執法者，無權擅自不打啊。請貴公司予以理解。

財務總監：據我們了解，北京國地稅的口徑是凡是計入工資條的補貼，一律按照工資薪金扣除，而且我們已經繳了個人所得稅了啊！我們總公司在北京就可以一律扣除，人家北京局可以突破政策，你們省怎么就不能突破啊！

稽查干部：北京局的口徑，我們不能執行，我們只是按照稅法辦事兒，如果你們認為總局的政策不合理，請按照正規途徑向總局反映，在此之前，愛莫能助啊！

然后……再然后，多次交涉，稅局仍然堅持征稅，但是內心中深感企業說的企業是有道理的，執行了自己認為不合理的政策，心中為之郁悶啊。可是不執行，又怕有執法風險，君不見各種督查、執法檢查，執法審計，磨刀霍霍啊！甚至審理會上，都不愿意為企業辯解，長期以來形成了這樣一種思想，如果輕易的向有利于納稅人的意見說話，人家有可能內心想，你小子收了企業好處吧！所以，解決問題，只能等一個水到渠成的機會，不能貿然行事兒。

再然后，國家稅務總局2015年34號公告就頒布了，該公告規定：列入企業員工工資薪金制度、固定與工資薪金一起發放的福利性補貼，符合《國家稅務總局關于企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號）第一條規定的，可作為企業發生的工資薪金支出，按規定在稅前扣除。不能同時符合上述條件的福利性補貼，應作為國稅函〔2009〕3號文件第三條規定的職工福利費，按規定計算限額稅前扣除。

郁悶的心為之顏開！
    延伸看這個問題，涉及到《企業所得稅法實施條例》的制度性設計，不斷有朋友問這樣一個問題：為什么條例要規定福利費的限額，為什么要規定商業保險不允許企業所得稅前扣除呢？第一，凡是人人有份的福利以及商業保險，都是要繳納個人所得稅的，在個人所得稅中就是工資薪金項目。所以在個人所得稅中，計入工資和計入福利的待遇一樣。第二，既然這樣，計入工資允許全額扣除，計入福利商業保險卻要限額扣除，或者不能扣除，干脆我發放的福利，比如交通補貼，全部作為工資處理，不就可以全額扣除了么？商業保險，我采取先發錢，然后再集中起來幫助個人買商業保險，不是也就可以全額扣除了么？結論是：條例的規定，是腦殘規定，根本沒有用！

其實問這個問題，是沒有理解條例的立法本意，凡是民營企業按照上述說法，福利補貼以及商業保險的問題，的確是個浮云，但是條例的設計本來就是針對國企而設的，假設國企的工資限額是1億元，你將福利補貼和商業保險納入工資里面去，等于是超限額發工資，內審是過不了關的，而且就算你違規超發，超過限額的也是不允許稅前扣除的。所以，其實條例的規定，主要是針對有工資限額的國企的。理解到這兒，對3號文件與242號文件之爭的深層次含義，就了然在胸了！