不同組織形式的企業在稅收方面有不同的特點，投資者對企業不同組織形式的選擇，其投資收益也將產生差別，進而影響企業的整體稅收和獲利能力。因此，在企業設立之時，很有必要在組織形式的選擇上進行一番積極籌劃。 
    某總公司為增值稅一般納稅人，注冊地在某市A行政區域，經營川氣東輸天然氣運輸與銷售。總公司董事會決定，擬設立管道運輸公司，專門從事天然氣運輸勞務，注冊地在某市B行政區域。現有兩個設立方案：管道分公司；全資子公司。財務部門依據現行財稅政策，籌劃兩種不同設立方式下各自稅負。為方便大家理解，假設以總公司2015年預計銷售12000萬立方米計算，單位不含稅運輸價格為每立方米0.45元，目前總公司的運輸設施規模能滿足市場供應。 
    方案一　設立管道分公司 
    總公司在B區設立管道分公司，不具備法人資格。以這種方式成立快捷、簡單，只需將天然氣的運輸與銷售業務分開，人員也不要做大的調整。為規避增值稅稅收風險，原在總公司賬戶中反映2009年1月1日以前和以后購入運輸設施等固定資產凈值9000萬元和5800萬元，分公司以經營租賃方式使用，租期暫定3年。其中租用2009年1月1日之前購入的設施，按不含稅年租金900萬元結算。《財政部、國家稅務總局關于將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2013〕106號）附件2《營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》規定，試點納稅人中的一般納稅人，以該地區實施日前購進或者自制的有形動產為標的物提供的經營租賃服務，試點期間可以選擇按照簡易計稅方法計算繳納增值稅。 
    因此，總公司出租這部分設施，其購進時未抵扣進項稅，按3%征收率開具普通發票，應繳增值稅27萬元。分公司無進項稅抵扣。租用2009年1月1日以后購進的設施，按不含稅租金580萬元結算。總公司按17%稅率開具增值稅專用發票，可抵扣進項稅98.60萬元。分公司除取得租金專用發票抵扣外，日常辦公及水電可抵扣進項稅20萬元。合計進項稅118.60萬元。 
    財稅〔2013〕106號文件附件3《關于營業稅改征增值稅試點過渡政策的規定》規定，2015年12月31日前，試點納稅人中的一般納稅人提供管道運輸服務，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行增值稅即征即退政策。所稱增值稅實際稅負，指納稅人當期提供應稅服務實際繳納的增值稅占納稅人當期提供服務取得的全部價款和價外費用的比例。該市政府文件規定，乙公司從事管道運輸服務，財政部門未來3年按每年實際繳納增值稅的70%予以返還。 
    管道分公司2015年運輸收入5400萬元，銷項稅594萬元。 
    全年應交增值稅＝594－118.60＝475.40（萬元）。 
    增值稅稅負率＝475.40÷5400＝8.80%。 
    2015年即征即退增值稅＝5400×（8.80%－3%）＝313.20（萬元）。 
    財政應返還增值稅＝（475.40－313.20）×70%＝113.54（萬元）。 
    應交城建稅和教育費附加＝475.40×（7%＋5%）＝57.05（萬元）。 
    增加利潤應交企業所得稅＝（313.2＋113.54－57.05）×25%＝92.42（萬元）。 
    分公司綜合稅負率＝（475.4－313.2－113.54＋57.05＋92.42）÷5400＝198.13÷5400＝3.67%。 
    總公司增加增值稅留抵稅額＝98.6－594＝－495.40（萬元）。 
    按簡易辦法應交增值稅＝27（萬元）。 
    將總公司和分公司綜合考慮，整體稅負率＝（198.13－495.40＋27）÷5400＝－270.27÷5400＝－5.01%。 
    方案二　設立全資子公司 　　 
    具體操作方案是，總公司先以現金出資，注冊成立管道運輸有限公司乙。其后，總公司以分立方式，將管道運輸設施等固定資產凈值，開具普通發票轉讓給乙公司，但總公司不用繳納增值稅。《國家稅務總局關于納稅人資產重組有關增值稅問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第13號）規定，納稅人在資產重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力一并轉讓給其他單位和個人，不屬于增值稅的征稅范圍，其中涉及的貨物轉讓，不征收增值稅。在具體執行時，總公司除將管道運輸設施轉讓給乙公司外，還要通過分流形式，將原在總公司從事運營人員的工資、社會保險、住房公積金等勞動關系，發生在總公司賬戶中與購入設備和分流人員等相關的債權、債務一并轉入到乙公司。 
    關于企業所得稅。總公司以分立方式，原有股東取得乙公司100%股權，符合《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）特殊性稅務處理規則。將總公司、乙公司合并考慮，對企業所得稅也不產生影響。 
    通過資產重組業務，乙公司繳納稅費情況如下： 
    2015年應交增值稅＝594－20＝574（萬元）。 
    增值稅稅負率＝574÷5400＝10.63%。 
    即征即退增值稅＝5400×（10.63%－3%）＝412.02（萬元）。 
    財政返還增值稅＝（574－412.02）×70%＝113.39（萬元）。 
    應交城建稅、教育費附加＝574×（7%＋5%）＝68.88（萬元）。 
    應交企業所得稅＝（412.02＋113.39－68.88）×25%＝114.13（萬元）。 
   乙公司各稅種稅負率＝（574－412.02－113.39＋68.88＋114.13）÷5400＝231.60÷5400＝4.29%。 
    總公司增加可留抵增值稅＝594（萬元）。 
    將總公司與乙公司整體考慮，綜合稅負率＝（231.60－594）÷5400＝－6.71%。 
    通過比較計算，設立子公司有下列結論： 
    少繳按簡易辦法計算增值稅＝27（萬元）。 
    增加增值稅留抵稅額＝594－495.40＝98.60（萬元）。 
    多繳稅款＝231.6－198.13＝33.47（萬元）。 
    綜合稅負率減少比率＝6.71%－5.01%＝1.70%。
    減少稅金現金流量＝27＋98.60－33.47＝92.13（萬元）。 
    因此，總公司設立子公司并以資產重組分立方式，可實現公司價值最大化。方案二較優。