免抵退企業與一般的增值稅納稅人不同，在填寫增值稅申報表時還受到退免稅相關文件的約束，具體表現為增值稅申報表與免抵退申報匯總表存在一定的關聯。對于免抵退納稅人，在填寫增值稅申報表時應與免抵退申報匯總表進行關聯分析。

同期報表差額分析

免抵退稅申報匯總表與增值稅納稅申報表出現差額的項目有兩個，分別是：“免抵退出口貨物勞務計稅金額”和“免抵退稅不得免征和抵扣稅額”。

1.“免抵退出口貨物勞務計稅金額”以前不會出現差額，現在一般都會出現差額。

《國家稅務總局關于發布〈出口貨物勞務增值稅和消費稅管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第24號）規定，“企業當月出口的貨物須在次月的增值稅納稅申報期內，向主管稅務機關辦理增值稅納稅申報、免抵退稅相關申報及消費稅免稅申報。”依據該文件申報時不會出現“免抵退出口貨物勞務計稅金額”的表差。

但《國家稅務總局關于調整出口退（免）稅申報辦法的公告》（國家稅務總局公告2013年第61號）調整了免抵退稅相關申報及消費稅免稅申報的規定，對增值稅納稅申報未作調整，導致免抵退稅相關申報與增值稅納稅申報口徑不一致，免抵退稅申報匯總表是單證信息齊全了后填寫，而增值稅納稅申報表是實行會計制度的權責發生制填寫。從而“免抵退出口貨物勞務計稅金額”與增值稅納稅申報表形成差額是必然的，所以對于“免抵退出口貨物勞務計稅金額”出現的差額屬于正常事項。

2.“免抵退稅不得免征和抵扣稅額”一般不允許出現差額。

根據國家稅務總局公告2013年第61號規定，生產企業應根據免抵退稅正式申報的出口銷售額即單證信息收齊出口額計算免抵退稅不得免征和抵扣稅額，并填報在當期《增值稅納稅申報表附列資料（二）》“免抵退稅辦法出口貨物不得抵扣進項稅額”欄（第18欄）、《免抵退稅申報匯總表》“免抵退稅不得免征和抵扣稅額”欄（第25欄），故免抵退稅申報匯總表與增值稅納稅申報表的“免抵退稅出口額”和“免抵退稅辦法出口貨物不得抵扣進項稅額”一般不會出現差額。

如果出現差額做如下分析

1.該差額是當期申報時未遵循國家稅務總局2013年第61號公告產生的，企業應注意申報流程，進行更正申報。

舉例說明：生產企業要進行所屬期201407的增值稅納稅申報，且也要進行所屬期201407的免抵退稅申報，該企業應先去主管稅務部門進行免抵退稅申報預審，如果單證信息齊全即進行出口明細錄入，生成明細數據、匯總數據；其次進行增值稅納稅申報，按照免抵退稅匯總表上的第25欄填寫增值稅納稅申報表附列資料表二第18欄；最后去主管稅務機關進行免抵退稅正式申報，如此操作，該企業免抵退稅對審時出錯率會較低。

2.該差額是歷史原因形成的，企業應進行數據追溯，分析具體的原因，并做相應處理。

例如，所屬期2014年6月免抵退稅申報匯總表第25欄“免抵退稅不得免征和抵扣稅額”與增值稅納稅申報表出現差額，說明增值稅申報時進項轉出過多或過少了，而該轉出應進入企業生產成本，故應在2014年7月進行賬務調整，調整“主營業務成本”和“應交稅費應交增值稅進項稅額轉出”的金額，并將該差額在所屬期2014年7月增值稅納稅申報表附列資料表2第18欄“免抵退稅辦法出口貨物不得抵扣進項稅額”進行調整。

跨期報表邏輯關系分析

增值稅納稅申報表主表中的第15欄“免抵退貨物應退稅額”不是系統自動生成，需要填入，按照主管稅務部門審核確認的上期《生產企業出口貨物免、抵、退稅申報匯總表》中的第36欄“當期應退稅額”填報。舉例：企業審核通過的所屬期201406的免抵退稅申報資料應退稅額60萬元，企業于8月15日前進行所屬期201407的增值稅納稅申報時，增值稅納稅申報表主表“免抵退稅貨物應退稅額”填寫所屬期201406的免抵退稅匯總表上的當期應退稅額60萬元。所以，在進行所屬期201407增值稅申報時，企業應將上月審核通過的免抵退申報匯總表作為增值稅申報表的附帶資料。