【基本案情】
     某房地產開發有限公司（以下稱甲公司）與某投資咨詢有限公司（以下稱乙公司）合作開發一房地產項目，項目名稱為“玫瑰花園”。

（一）合作協議內容
     玫瑰花園項目是甲公司與乙公司協議合作開發的一個房地產項目。甲乙雙方先后簽訂了兩份協議：《玫瑰花園項目合作開發協議書》（簡稱合作開發協議）和《玫瑰花園房產分配補充協議》（簡稱補充協議）。

甲公司（甲方）與乙公司（乙方）于2010年3月13日簽訂了合作開發協議，約定的相關內容為：“甲方提供45.5畝土地，享有25%建筑面積的銷售權及其收入，并交納其稅費；乙方投入開發建設資金，享有75%建筑面積的銷售權及其收入，并交納其稅費”。“為了便于操作，該款土地使用證仍使用甲方的名字”。“乙同意以甲方的名義申報辦理本項目的規劃、勘察、設計、報建、消防等手續。在乙方投入資金并開始建設后，不能認為使用甲方名義辦理項目有關手續就視為甲方獨立擁有該項目，而應視為甲乙雙方共同擁有該項目”。“雙方不能將該項目轉讓給第三方”。“項目部作為獨立的會計主體封閉核算。項目部以甲方名義設立資金共管賬戶，乙方資金按照開發進度分期轉入共管賬戶，所有與該地塊有關的成本費用均通過共管賬戶支付，與該地塊有關的全部房屋銷售價款均匯入共管賬戶”。“甲公司玫瑰花園項目經理部及其下設的工程部、銷售部、財務部、法務部、辦公室等五個部門均由乙方管理，乙方派遣管理人員的薪酬由乙方承擔。”

甲公司與乙公司于2010年12月19日簽訂了補充協議，主要約定了25%和75%建筑面積的具體分配方案，具體到每一套房的歸屬。同時，約定乙方分得的75%建筑面積的房產委托甲方出售，統一以甲方名義辦理房屋預售證，從事銷售活動，進行財務結算，交納稅費。乙方分得75%建筑面積商品房的銷售價款扣除乙方投入資金、乙方應承擔稅費后的凈額歸乙方所有。乙方應承擔的稅費及計算方法：按75%建筑面積實際銷售收入計算營業稅及附加、印花稅，按銷售收入比例分攤該項目應納土地增值稅。

（二）實際調查操作情況
     地稅部門于2014年8月對甲公司實際調查情況如下：根據玫瑰花園項目經理部的售房、財務等資料，包括玫瑰一區項目經理部記賬憑證、項目經理部售房表、項目部預收賬款明細分類賬、預收款記賬憑證、項目經理部2014年二季度損益表等資料表明，雙方嚴格按照合作開發協議的約定進行操作，即項目由乙公司派遣人員實際運作，項目經理部下設財務部將其收到的預售房收入，按房產分配協議所列，凡歸屬甲方的房產，預售房款記為“預收賬款——甲公司”，凡歸屬乙方的房產，預售房款記為“預收賬款——乙公司”。雙方售房應交稅款分別計提后劃給甲公司申報交稅。2012年度、2013年度的財務核算均由項目經理部下設財務部進行，沒有與甲公司并賬并表，2014年第二季度甲公司對項目經理部的賬目進行了并表處理。

雙方在實際建房、售房過程中，該項目的土地使用權證、建設用地規劃許可證、建筑工程施工許可證、房產預售證、房屋所有權證均按協議的約定辦理在甲公司名下，沒有將土地使用權、房屋所有權過戶到乙方，房屋銷售合同均由甲方與購房人簽署，房屋銷售發票由甲方開具給購房人。

截至2014年6月，該項目已全部銷售完畢。竣工決算，該項目土地成本1000萬元，已發生的允許扣除的開發成本13000萬元。甲方分得25%的建筑面積，取得銷售收入6000萬元；乙方分得75%的建筑面積，取得銷售收入17800萬元。乙方在本項目中投入的工程總造價為12000萬元，建筑業發票抬頭均開給甲方。該項目全部銷售收入均以甲方名義申報繳納了營業稅及附加、印花稅，并按規定的預征率預繳了土地增值稅，土地增值稅尚未清算。甲、乙雙方正在結算期間。

【爭議焦點】
     由于甲乙雙方結算收益分配涉及到稅費計算問題，稅務機關的意見成了結算的關鍵。
     （一）營業稅
     關于甲方與乙方合作開發玫瑰花園項目，是否適用《營業稅問題解答（之一）》（國稅函發[1995]156號）第十七條第一款規定的合作建房營業稅政策，稅務機關內部存在兩種處理意見：

第一種意見：從產權的實際占有情況看，甲方實際以75%的土地使用權為代價，換取了25%房屋的銷售權和收益權；乙方以出資建設房屋25%的建筑面積的銷售權和收益權為代價，實際換取了自己所擁有銷售權和收益權的75%的房屋所對應的75%的土地的實際使用權。結果是雙方都事實上擁有了部分房屋的銷售權、收益權。這個銷售權和收益權再加上協議中對所建房屋約定的排他性條款，體現了雙方事實上的占有權。雙方約定并實際履行協議后各自享有的房屋銷售權和收益權體現了各方事實上對房屋的處分權和收益權。合作過程前后的土地和房屋實際占有權利的變化情況表明：地和房事實上發生了有償交換。因此，雙方的合作開發行為應適用國稅函發[1995]156號文，即對甲方出土地應按轉讓“無形資產——土地使用權”繳納營業稅，對乙方以房換地應征收銷售不動產的營業稅。

第二種意見：從法律產權手續看，雙方在實際建房、售房過程中，沒有將土地由甲方過戶到乙方，房屋所有權也沒有過戶到乙方，土地使用權和房屋所有權一直都在甲方名下。房屋銷售合同也是甲方和購房者簽訂，發票由甲方開具給購房者，房屋所有權也由甲方直接過戶給購房者。由此可見，乙方并不擁有土地使用權，相應也沒有房屋的所有權。因為根據現行法律規定，能夠擁有新建房屋所有權的單位，必須是擁有土地使用權的房屋開發者，而乙方并不擁有土地使用權，也不是項目的立項人。既然乙方不擁有房屋的所有權，也不存在乙方以其擁有的部分房屋所有權與甲方交換部分土地使用權的行為，因此不符合國稅函發[1995]156號文第十七條第一款關于“合作建房第一種方式是純粹的‘以物易物’，即雙方以各自擁有的土地使用權和房屋所有權相互交換”的規定，因此，其行為不屬于合作建房行為，不適用合作建房的征稅規定。

（二）土地增值稅
     關于乙方是否為土地增值稅納稅人，存在兩種意見：

第一種意見：甲方、乙方雙方分別擁有25%、75%建筑面積的房產，因此甲方、乙方均是土地增值稅納稅人，土地增值稅應由甲、乙雙方分別繳納。

第二種意見：房產所有權全部歸甲方所有，甲方是唯一的土地增值稅納稅人，該項目土地增值稅全部由甲方繳納。至于雙方結算收益分配時，土地增值稅如何分攤是甲、乙公司內部結算事宜，稅務機關不予干涉。

（三）企業所得稅
     甲方支付給乙方的收益，乙方是否向甲方出具發票，甲方在計算土地增值稅、企業所得稅時能否在在稅前扣除，也存在兩種意見：

第一種意見：乙方不是甲方股東，且雙方約定乙方承擔的稅費僅限于營業稅及附加、印花稅和土地增值稅，說明雙方約定在稅前分配利潤，企業所得稅由各自繳納，因此乙方應向甲方提供發票，甲方在計算企業所得稅時允許在稅前扣除。

第二種意見：《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發[2009]31號）第三十六條規定，企業以本企業為主體聯合其他企業、單位、個人合作或合資開發房地產項目，且該項目未成立獨立法人公司的，凡開發合同或協議中約定分配項目利潤的，企業應將該項目形成的營業利潤額并入當期應納稅所得額統一申報繳納企業所得稅，不得在稅前分配該項目的利潤。同時不能因接受投資方投資額而在成本中攤銷或在稅前扣除相關的利息支出。投資方取得該項目的營業利潤應視同股息、紅利進行相關的稅務處理。

根據上述規定，乙方取得的分配直接作投資收益處理，視同股息分配，免征企業所得稅，乙方無需向甲方開具稅務發票，甲方支付給乙方的收益只能通過“利潤分配——未分配利潤”科目核算。