修訂后的《中華人民共和國公司法》和國務院批準的《注冊資本登記制度改革方案》對公司設立、年檢等制度作出重大調整，將注冊資本實繳登記制改為認繳登記制。實繳制度是舊公司法的規定，比如，要求有限責任公司在兩年內繳足注冊資本。認繳制度是指現在設立公司注冊資本以及繳足期限由股東自行約定，不再限定在兩年內繳足。比如，注冊資本1億元，可以約定在20年內繳足，如果在20年內未繳足，要面臨注銷或減資。若未繳足且未注銷未減資的，需承擔法律責任。由于企業所得稅在法律規定上有很多地方與實收資本有關，這一制度的修改勢必對稅務機關企業所得稅的征管帶來一定的影響。

資本弱化情況存在稅收風險。《中華人民共和國企業所得稅法》第四十六條規定：“企業從其關聯方接受的債權性投資與權益性投資的比例超過規定標準而發生的利息支出，不得在計算應納稅所得額時扣除。”

《財政部、國家稅務總局關于企業關聯方利息支出稅前扣除標準有關稅收政策問題的通知》（財稅〔2008〕121號）規定，為規范企業利息支出稅前扣除，加強企業所得稅管理，根據《中華人民共和國企業所得稅法》第四十六條和《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第一百一十九條的規定，在計算應納稅所得額時，企業實際支付給關聯方的利息支出，不超過規定比例和稅法及其實施條例有關規定計算的部分，準予扣除，超過的部分不得在發生當期和以后年度扣除。企業接受關聯方債權性投資與其權益性投資的比例，金融企業為5∶1；其他企業為2∶1。

目前，關聯方融資情況越來越多，企業權益性投資越小，債權性投資越大，允許稅前扣除的利息按比例計算后，企業按照發生額支出利息費用，存在企業所得稅風險，也給稅務機關企業所得稅管理帶來了一定的難度。

注冊資金不到位影響稅額計算。根據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》以及《國家稅務總局關于企業投資者投資未到位而發生的利息支出企業所得稅前扣除問題的批復》（國稅函〔2009〕312號）的規定，凡企業投資者在規定期限內未繳足其應繳資本額的，該企業對外借款所發生的利息，相當于投資者實繳資本額與在規定期限內應繳資本額的差額應計付的利息，其不屬于企業合理的支出，應由企業投資者負擔，不得在計算企業應納稅所得額時扣除。

在注冊資本認繳制度下，根據稅法規定，對企業來說，如果企業設立時認繳的注冊資本過大，逾期未繳足資本金將面臨對應數額借款利息無法扣除的稅務風險，形成永久性差異；對稅務機關而言，由于認繳注冊資本轉化為實收資本比較繁瑣，設置風險指標口徑比較困難，給企業所得稅的正確計算帶來一定的難度。