為貫徹落實《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例，加強跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）經營匯總納稅企業所得稅征收管理，國家稅務總局下發關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知（國稅函〔2009〕221號），對跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理中的若干問題明確如下：
　 一、關于二級分支機構的判定問題 
     二級分支機構是指總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的領取非法人營業執照的分支機構。
    總機構應及時將其所屬二級分支機構名單報送總機構所在地主管稅務機關，并向其所屬二級分支機構及時出具有效證明（支持證明的材料包括總機構撥款證明、總分機構協議或合同、公司章程、管理制度等）。  二級分支機構在辦理稅務登記時應向其所在地主管稅務機關報送非法人營業執照（復印件）和由總機構出具的二級分支機構的有效證明。其所在地主管稅務機關應對二級分支機構進行審核鑒定，督促其及時預繳企業所得稅。
    以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供有效證據證明其二級及二級以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅，不執行《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕28號）的相關規定。
    二、關于總分支機構適用不同稅率時企業所得稅款計算和繳納問題
    預繳時，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按照國稅發〔2008〕28號文件第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出企業的應納所得稅總額。再按照國稅發〔2008〕28號文件第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，向總機構和分支機構分攤就地預繳的企業所得稅款。
    匯繳時，企業年度應納所得稅額應按上述方法并采用各分支機構匯算清繳所屬年度的三因素計算確定。  除《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》（國發〔2007〕39號）、《財政部 國家稅務總局關于企業所得稅若干優惠政策的通知》（財稅〔2008〕1號）和《財政部 國家稅務總局關于貫徹落實國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策有關問題的通知》（財稅〔2008〕21號）有關規定外，跨地區經營匯總納稅企業不得按照上述總分支機構處于不同稅率地區的計算方法計算并繳納企業所得稅，應按照企業適用統一的稅率計算并繳納企業所得稅。
　　三、關于預繳和年度匯算清繳時分支機構報送資料問題
    跨地區經營匯總納稅企業在進行企業所得稅預繳和年度匯算清繳時，二級分支機構應向其所在地主管稅務機關報送其本級及以下分支機構的生產經營情況，主管稅務機關應對報送資料加強審核，并作為對二級分支機構計算分攤稅款比例的三項指標和應分攤入庫所得稅稅款進行查驗核對的依據。
　　四、關于應執行未執行或未準確執行國稅發〔2008〕28號文件企業的處理問題
　　對應執行國稅發〔2008〕28號文件規定而未執行或未正確執行上述文件規定的跨地區經營匯總納稅企業，在預繳企業所得稅時造成總機構與分支機構之間同時存在一方（或幾方）多預繳另一方（或幾方）少預繳稅款的，其總機構或分支機構就地預繳的企業所得稅低于按上述文件規定計算分配的數額的，應在隨后的預繳期間內，由總機構將按上述文件規定計算分配的稅款差額分配到總機構或分支機構補繳；其總機構或分支機構就地預繳的企業所得稅高于按上述文件規定計算分配的數額的，應在隨后的預繳期間內，由總機構將按上述文件規定計算分配的稅款差額從總機構或分支機構的預繳數中扣減。
　　五、國稅發〔2008〕28號文件第二條第二款所列企業不適用該通知規定。
　　六、該通知自2009年1月1日起執行。