1、稅款繳納原則。實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業應嚴格按照“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”原則計算繳納企業所得稅，其中：

　　“統一計算”：是指企業總機構統一計算包括企業所屬各個不具有法人資格的營業機構、場所在內的全部應納稅所得額、應納稅額。

　　“分級管理”：是指總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。

　　“就地預繳”：是指是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。

　　“匯總清算”：是指在年度終了后，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。

　　“財政調庫”：是指財政部定期將繳入中央國庫的跨地區總分機構企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方金庫。

　　2、分級預繳辦法。

　　（1）總機構和具有主體經營職能的二級分支機構，就地分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。二級分支機構及其下屬機構均由二級分支機構集中就地預繳企業所得稅；三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額統一計入二級分支機構，即：建筑企業所屬二級或二級以下分支機構直接管理的項目部和跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統一計算繳納企業所得稅。

　　（2）總機構只設跨地區項目部或既有直接管理的跨地區項目部，又有跨地區二級分支機構的，先扣除已由項目部預繳的企業所得稅后，再按計算總、分支機構應繳納的稅款。

　　（3）總機構設立具有獨立生產經營職能部門，且具有獨立生產經營職能部門的經營收入、職工工資和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將具有獨立生產經營職能的部門視同一個分支機構，就地預繳企業所得稅。

　　（4）總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后依照《辦法》第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。

　　3、不能就地預繳稅款的分支機構。

　　（1）具有獨立生產經營職能部門與管理職能部門的經營收入、職工工資和資產總額不能分開核算的，不能視同一個分支機構，不就地預繳企業所得稅。

　　（2）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等企業內部輔助性的二級及以下分支機構，不就地預繳企業所得稅。

　　（3）上年度認定為小型微利企業的，其分支機構不就地預繳企業所得稅。

　　（4）新設立的分支機構，設立當年不就地預繳企業所得稅。

　　（5）撤銷的分支機構，撤銷當年剩余期限內應分攤的企業所得稅款由總機構繳入中央國庫。

　　（6）企業在中國境外設立的不具有法人資格的營業機構，不就地預繳企業所得稅。企業計算分期預繳的所得稅時，其實際利潤額、應納稅額及分攤因素數額，均不包括其在中國境外設立的營業機構。

　　4、以前年度虧損的彌補。

　　總機構和分支機構2007年及以前年度按獨立納稅人計繳所得稅尚未彌補完的虧損，允許在法定剩余年限內繼續彌補。

　　5、預繳比例的確定。

　　（1）總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。

　　（2）扣除總機構直接管理的項目部預繳的稅款后，其他應匯總繳納的企業所得稅稅款由總機構和分支機構應分期預繳，50%在各分支機構間分攤預繳，50%由總機構預繳。總機構預繳的部分，其中25%就地入庫，25%預繳入中央國庫，分支機構預繳的稅款數額，由總機構按全部應預繳稅款的50%計算確定后，于每月或季度終了后10日內通知給各分支機構，具體確定方法如下：

　　某分支機構分攤比例＝0.35×（該分支機構營業收入/各分支機構營業收入之和）＋0.35×（該分支機構工資總額/各分支機構工資總額之和）＋0.30×（該分支機構資產總額/各分支機構資產總額之和）

　　其中分支機構的經營收入、職工工資和資產總額三項指標，1-6月份按上上年度計算，7-12月份按上年度計算。

　　其中：“分支機構經營收入”是指分支機構在提供建筑勞務中實現的全部營業收入：“分支機構職工工資”是指分支機構為獲得職工提供的服務而給予職工的各種形式的報酬“分支機構資產總額”是指分支機構擁有或者控制的除無形資產外能以貨幣計量的經濟資源總額。三相指標的數據均以企業財務會計決算報告數據為準。

　　總機構應在每年6月20日前，將上述分攤稅款的比例，填入《中華人民共和國企業所得稅匯總納稅分支機構分配表》（見《國家稅務總局關于印發〈中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表〉等報表的通知》（國稅函[2008]44號）附件4，該附件填報說明第二條第10項“各分支機構分配比例”按上述辦法計算），報送總機構所在地主管稅務機關，同時下發各分支機構。且分攤比例一經確定后，當年不作調整。

　　6、匯算清繳。

　　總機構在年度終了后5個月內，應依照法律、法規和其他有關規定進行匯總納稅企業的所得稅年度匯算清繳。各分支機構不進行企業所得稅匯算清繳。總機構年終匯算清繳后應納所得稅額小于已預繳的稅款時，由總機構主管稅務機關辦理退稅或抵扣以后年度的應繳企業所得稅。

　　需要注意的是：跨地區經營的項目部（包括二級以下分支機構管理的項目部）應向項目所在地主管稅務機關出具總機構所在地主管稅務機關開具的《外出經營活動稅收管理證明》和總機構出具的證明該項目部屬于總機構或二級分支機構管理的證明文件，不能提供上述證明的，應作為獨立納稅人就地繳納企業所得稅。