一、明確了“企業重組”的定義
我國以前的稅收文件從未給予“企業重組”明確定義。對于企業重組的相關稅收政策也散見于各稅收文件中。59號文的出臺，不僅明確了“企業重組”的概念，同時劃分了企業重組的六種主要類型。根據59號文的相關規定，企業重組將分為企業法律形式改變、債務重組、股權收購、資產收購、合并、分立六種，該六種類型基本上涵蓋了資本運作的所有基本形式。
1、企業法律形式改變
企業法律形式改變是指企業注冊名稱改變、住所以及企業組織形式等的簡單改變，但符合本通知規定其他重組的類型除外。例如北京金陵房地產開發有限公司更名為北京海運房屋開發有限公司；某公司將住所地由北京市遷移至上海市；原有限責任公司變更為股份有限公司，或者原有限責任公司變更為個人獨資企業、合伙企業等等均屬此類重組。
2、債務重組
債務重組是指債務人發生財務困難的情況下，債權人按照其與債務人達成的書面協議或者法院裁定書，就其債務人的債務作出讓步的事項。例如：A公司因向B公司銷售產品而擁有B公司10萬元債權，合同期已屆滿，B公司因經營不善無力還款，于是雙方達成書面協議，同意A公司的債權轉為對B公司擁有的股權，即屬債務重組。
3、股權收購
股權收購，是指一家企業（以下稱為收購企業）購買另一家企業（以下稱為被收購企業）的股權，以實現對被收購企業控制的交易。收購企業支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合。例如：A公司與B公司達成協議，A公司收購B公司60%的股權，A公司支付B公司股東的對價為50萬元銀行存款以及A公司控股的C公司10%股權，A公司收購股權后實現了對B公司的控制。在該股權收購中A公司為收購企業，B公司為被收購企業。
4、資產收購
資產收購，是指一家企業（以下稱為受讓企業）購買另一家企業（以下稱為轉讓企業）實質經營性資產的交易。受讓企業支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合。例如：A公司與B公司達成協議，A公司購買B公司經營性資產（包括固定資產、存貨等），該經營性資產的公允價值為1000萬元，A公司支付的對價為本公司10%股權、100萬元銀行存款以及承擔B公司200萬元債務。在該資產收購中A公司為受讓企業，B公司為轉讓企業。
5、合并
合并，是指一家或多家企業（以下稱為被合并企業）將其全部資產和負債轉讓給另一家現存或新設企業（以下稱為合并企業），被合并企業股東換取合并企業的股權或非股權支付，實現兩個或兩個以上企業的依法合并。
合并可分為吸收合并和新設合并兩種方式。吸收合并是指兩個以上的企業合并時，其中一個企業吸收了其他企業而存續（對此類企業以下簡稱"存續企業"），被吸收的企業解散。例如：A公司系股東X公司投資設立的有限責任公司，現將全部資產和負債轉讓給B公司，B公司支付A公司股東X公司銀行存款500萬元作為對價，A公司解散。在該吸收合并中，A公司為被合并企業，B公司為合并企業，且為存續企業。新設合并是指兩個以上企業并為一個新企業，合并各方解散。例如：現有A公司和B公司均為X公司控股下的子公司，現A公司和B公司將全部資產和負債轉讓給C公司，C公司向X公司支付30%股權作為對價。合并完成后，A公司和B公司均解散。在該新設合并中，A公司和B公司為被合并企業，C公司為合并企業。
6、分立
分立，是指一家企業（以下稱為被分立企業）將部分或全部資產分離轉讓給現存或新設的企業（以下稱為分立企業），被分立企業股東換取分立企業的股權或非股權支付，實現企業的依法分立。分立可以采取存續分立和新設分立兩種形式。存續分立是指被分立企業存續，而其一部分分出設立為一個或數個新的企業。例如：A公司將部分資產剝離，轉讓給B公司，同時為A公司股東換取B公司100%股權，A公司繼續經營。在該分立重組中，A公司為被分立企業，B公司為分立企業。新設分立是指被分立企業解散，分立出的各方分別設立為新的企業。例如：A公司將全部資產分離轉讓給新設立B公司，同時為A公司股東換取B公司100%股權，A公司解散。
二、一般資產重組的稅務處理
59號文將資產重組的稅務處理分為一般性稅務處理和特殊性稅務處理，其中特殊性稅務處理實為重組優惠政策。除享受稅收優惠政策的特殊性重組外，一般資產重組的稅務處理為：
（一）企業法律形式改變
根據59號文第四條（一）中規定，企業法律形式改變的稅務處理可以分為兩種情況：
1、企業由法人轉變為個人獨資企業、合伙企業等非法人組織，或將登記注冊地轉移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區）。
該種情況應視同企業進行清算、分配，股東重新投資成立新企業。企業的全部資產以及股東投資的計稅基礎均應以公允價值為基礎確定。
企業需要關注的是，對企業清算的所得稅處理應以財稅[2009]60號《關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》為依據。59號文中“企業的全部資產以及股東投資的計稅基礎均應以公允價值為基礎確定”，是指轉變后的非法人組織承續清算企業的資產應以公允價值為基礎確定其計稅基礎。例如：A公司擁有資產賬面價值500萬元，計稅基礎480萬元，公允價值600萬元。A公司于2009年5月1日變更為B合伙企業。A公司應將2009年1月1日至5月1日作為清算期計算清算所得。該清算所得為A公司全部資產可變現價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額。假定A公司清算所得為100萬元，其應交清算所得稅25萬元。計算清算所得稅后，再計算A公司股東的股息所得和投資轉讓所得（或損失）。股息所得為股東分得的剩余資產中相當于A公司累計未分配利潤和累計盈余公積中按該股東所占股份比例計算的部分。投資轉讓所得（或損失）是股東分得的剩余資產減除股息所得后的余額，超過或低于投資成本的部分。在對A公司進行依法清算、分配后，B合伙企業的資產和股東投資應以公允價值確定計稅基礎，。
2、企業發生其他法律形式簡單改變
該情形指注冊名稱改變、地址變更等。根據根據59號文第四條（一）中規定，可直接變更稅務登記，但另有規定的除外。有關企業所得稅納稅事項（包括虧損結轉、稅收優惠等權益和義務）由變更后企業承繼，但因住所發生變化而不符合稅收優惠條件的除外。
（二）企業債務重組
對于企業債務重組的一般稅務處理，可分為以下兩種情況：
1、以非貨幣資產清償債務
2、發生債權轉股權的
根據59號文第四條（二）中規定，上述債務重組的稅務處理同《企業會計準則第12號——債務重組》中處理相一致，即分解為轉讓相關非貨幣性資產、按非貨幣性資產公允價值清償債務兩項業務（以非貨幣資產清償債務）或分解為債務清償和股權投資兩項業務（債權轉股權），確認相關資產的所得或損失。債務人應當按照支付的債務清償額低于債務計稅基礎的差額，確認債務重組所得；債權人應當按照收到的債務清償額低于債權計稅基礎的差額，確認債務重組損失。債務人的相關所得稅納稅事項原則上保持不變。
現舉例如下：
甲公司欠乙公司購貨款350 000元。由于甲公司財務發生困難，短期內不能支付已于20×8年5月1日到期的貨款。20×8年7月1日，經雙方協商，乙公司同意甲公司以其生產的產品償還債務。該產品的公允價值為200 000元，實際成本為120 000元。甲公司為增值稅一般納稅人，適用的增值稅稅率為17%。乙公司于20×7年8月1日收到甲公司抵債的產品，并作為庫存商品入庫。
（1）甲公司的稅務處理：
①計算債務重組利得：
應付賬款的賬面余額（同計稅基礎一致）350 000
減：所轉讓產品的公允價值200 000
增值稅銷項稅額（200 000×17%）34 000
債務重組利得116 000
該債務重組利得填于企業所得稅年度納稅申報表附表一第23行。
②應作會計分錄：
借：應付賬款350 000
貸：主營業務收入200 000
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）34 000
營業外收入——債務重組利得116 000
借：主營業務成本120 000
貸：庫存商品120 000
③因該重組事項應確認應納稅所得額：200000—120000+116000=196000
應納所得稅：196000×25%=49000
（2）乙公司的賬務處理：
①計算債務重組損失：
應收賬款賬面余額350 000
減：受讓資產的公允價值200 000
增值稅進項稅額34 000
債務重組損失116 000
該債務重組利得填于企業所得稅年度納稅申報表附表二第20行。
②應作會計分錄：
借：庫存商品200 000
應交稅費——應交增值稅（進項稅額）34 000
營業外支出——債務重組損失116 000
貸：應收賬款350 000
（三）股權收購和資產收購重組
根據59號文第四條（三）中規定，股權收購和資產收購均按以下規定處理：
1、被收購方應確認股權、資產轉讓所得或損失。
2、收購方取得股權或資產的計稅基礎應以公允價值為基礎確定。
3、被收購企業的相關所得稅事項原則上保持不變。
現舉例說明如下：
2008年3月，A公司以500萬元的銀行購買取得B公司經營性資產，B公司資產總額為2000萬元，A公司購買的經營性資產賬面價值400萬元，計稅基礎450萬元，公允價值500萬元。
（1）A公司（受讓方/收購方）的稅務處理
A公司購買該經營性資產后，應以該資產的公允價值500萬元為基礎確定計稅基礎。
（2）B公司（轉讓方/被收購方）的稅務處理
B公司應確認資產轉讓所得：500—450=50萬元
（四）企業合并
企業合并，根據59號文第四條（四）中規定，當事各方應按下列規定處理：
1、合并企業應按公允價值確定接受被合并企業各項資產和負債的計稅基礎。
2、被合并企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
3、被合并企業的虧損不得在合并企業結轉彌補。
現舉例說明如下：
2008年6月30日，P公司向S公司的股東支付銀行存款1000萬元對S公司進行吸收合并，并于當日取得S公司凈資產。假定S公司在2008年6月30日資產賬面價值2500萬元，公允價值3000萬元，負債賬面價值1500萬元，公允價值2000萬元，則P公司應按資產公允價值3000萬元和負債公允價值2000萬元確定其計稅基礎。S公司被吸收合并后，應進行清算，并依據《企業所得稅法》、《企業所得稅法實施條例》及財稅[2009]60號文中相關規定計算S公司及其股東應交納所得稅。
（五）企業分立
企業分立，根據59號文的規定，可以分為兩種情況：
1、存續分立
存續分立時，被分立企業股東取得的對價應視同被分立企業分配進行處理。
2、新設分立
新設分立時，被分立企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。
同時無論是存續分立還是新設分立，被分立企業對分立出去資產應按公允價值確認資產轉讓所得或損失；分立企業應按公允價值確認接受資產的計稅基礎。
尤其需要提醒企業注意的是，在一般分立重組中，企業分立相關企業的虧損不得相互結轉彌補。
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