為保證增值稅期末留抵退稅政策有效落實，近日財政部和稅務總局聯合出臺《關于增值稅期末留抵退稅有關城市維護建設稅教育費附加和地方教育附加政策的通知》（財稅〔2018〕80號，以下簡稱80號文），就留抵退稅涉及的城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加問題予以明確。通知稱：自該通知發布之日起，對實行增值稅期末留抵退稅的納稅人，允許其從城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加的計稅（征）依據中扣除退還的增值稅稅額。

筆者注意到，早在2017年2月24日，財政部和國家稅務總局也曾出臺過類似規定，《關于集成電路企業增值稅期末留抵退稅有關城市維護建設稅教育費附加和地方教育附加政策的通知》（財稅〔2017〕17號）明確：自該通知發布之日起，享受增值稅期末留抵退稅政策的集成電路企業，其退還的增值稅期末留抵稅額，應在城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加的計稅（征）依據中予以扣除。

實際上，根據現行有關規定，城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加均以納稅人實際繳納的消費稅、增值稅稅額為計稅（征）依據。因此，筆者起初認為，期末留抵稅額退稅，對實際應繳納的增值稅稅額即城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加計稅（征）依據的計算結果有影響，但是得出其計稅（征）依據的計算結果后，還要從中扣除已退還的增值稅留抵稅額作為其實際的計稅（征）依據不理解。經過與群友的探討，發現了一個容易疏忽的“秘密”：期末留抵退稅后，相應增加了后期的“應納稅額”。但是這部分“應納稅額”是退還留抵稅額引起的，并不是真正意義上的應納稅額。因此，通知允許其從城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加的計稅（征）依據中扣除退還的增值稅留抵稅額，是有道理的。

例子：

某生物醫藥制造企業為成立于2016年1月，當月被認定為增值稅一般納稅人。城市維護建設稅稅率為7%，教育費附加率為3%，地方教育附加率為2%。該企業2017年底期末留抵稅額為1500萬元，2018年7月期末留抵稅額為1600萬元，假如其增值稅扣稅憑證全部為增值稅專用發票。由于2018年7月期末留抵稅額1600萬元大于2017年底期末留抵稅額1500萬元，因此當期可退還的期末留抵稅額為2017年底期末留抵稅額1500萬元。假如該企業8月的銷項稅額為700萬元，取得經認證可抵扣的增值稅進項稅額為550萬元，則8月份應納增值稅稅額=700—550—100=50（萬元）；又由于上期退還留抵稅額1500萬元，則本期應納城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加的計稅（征）依據=50—1500=-1450（萬元）,計算結果是負數，其實際計稅（征）依據為0。