一、全部是獨資企業應納稅額的計算方法。

　　所辦企業全部是獨資的，應分別向各企業的實際經營管理所在地主管稅務機關辦理年度所得稅匯算清繳，其匯算清繳稅款的計算方法是：首先匯總所有企業的生產經營所得作為應納稅所得額，然后以此確定適用稅率計算出全年所有企業生產經營所得應納個人所得稅稅額，再根據每個企業的生產經營所得占所有企業生產經營所得的比例計算出每個企業的應納個人所得稅稅額和匯算清繳應補繳的稅額。

　　例如：居民甲依照《中華人民共和國個人獨資企業法》投資興辦了A、B、C三家個人獨資企業，2010年實現的應納稅所得額分別為5萬元、10萬元和15萬元，1—11月份預繳的個人所得稅分別為2萬元、3.2萬元和3.3萬元。其年度匯算清繳時三個企業各自應補繳的個人所得稅為：

　　三個企業的年度應納稅所得額＝5＋10＋15＝30萬元。

　　應納稅額＝30×35%—0.675＝9.825萬元。

　　三個企業年度各自應納個人所得稅稅額分別為：

　　A企業應納稅額＝9.825×5÷30＝1.6375萬元。

　　B企業應納稅額＝9.825×10÷30＝3.275萬元。

　　C企業應納稅額＝9.825×15÷30＝4.9125萬元。

　　三個企業各自應補繳的稅額為：

　　A企業應補繳的稅額＝1.6375－2＝－0.3625萬元，即應向主管稅務機關申請退還個人所得稅0.3625萬元。

　　B企業應補繳的稅額＝3.275－3.2＝0.075萬元。

　　C企業應補繳的稅額＝4.9125－3.3＝1.6125萬元。

　　二、獨資、合伙兼有應納稅額的計算方法。

　　在所有投資興辦的企業中，如果既有獨資、又有合伙企業（依據《中華人民共和國合伙企業法》登記成立合伙企業，下同），根據財稅[2000]91號文件附件中年度納稅申報表的設計格式其年度匯算清繳應分兩步進行：第一步各自應先向各自的實際經營管理所在地主管稅務機關辦理自身的年度所得稅匯算清繳；第二步由其中的合伙企業向經常居住地主管稅務機關辦理匯總年度所得稅匯算清繳，如果經常居住地與其興辦企業的經營管理所在地不一致時，應選定其參與興辦的某一合伙企業的經營管理所在地為辦理，并在5年內不得變更。

　　例如：假定上述居民甲又與居民乙依照《中華人民共和國合伙企業法》注冊興辦了一家合伙企業，甲投資3萬元，乙投資7萬元，各自的應納稅所得額按投資比例確定。2011年1月份在預繳2010年12月份個人所得稅時該企業預計全年應納稅所得額為12萬元，甲已預繳稅款0.665萬元，乙已預繳稅款2.265萬元；在匯算清繳時經過對各項因素調整后調增所得額3萬元，其匯算清繳應納稅款的計算方法如下：

　　1、四個企業各自匯算應補繳的個人所得稅。

　　A企業應補繳稅額＝5×30%－0.425－2＝－0.925萬元。

　　B企業應補繳稅額＝10×35%－0.675－3.2＝－0.375萬元

　　C企業應補繳稅額＝15×35%－0.675－3.3＝1.275萬元。

　　合伙企業中居民甲應補繳稅額＝（12＋3）÷10×3×30%―0.425―0.665＝0.26萬元。

　　2、四個企業匯總申報居民甲應補繳納的個人所得稅。

　　匯總應納稅所得額＝5＋10＋15＋（12＋3）÷10×3＝34.5萬元。

　　應補繳稅額＝34.5×35%－0.675―2―3.2―3.3―0.665―1.275―0.26＋0.925＋0.375＝2萬元

　　此外，在對年度應納稅所得額進行計算調整時應注意兩點：一是依法準予扣除的投資者個人費用，只能選擇在其中一個企業的生產經營所得中扣除；二是年度經營虧損不能跨企業彌補。