《管理辦法》對重組中的一些規定進行了解釋。如財稅[2009]59號文件第五條規定，企業重組同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：1.具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。2.被收購、合并或分立部分的資產或股權比例符合本通知規定的比例。3.企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動。4.重組交易對價中涉及股權支付金額符合本通知規定比例。5.企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。

　　合并虧損企業的彌補虧損額擴大

　　在企業合并重組中，如果被合并企業存在虧損，則可以有條件的限額彌補。財稅[2009]59號文件第六條規定，可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額=被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。《管理辦法》第二十六條規定，《通知》第六條第四項所規定的可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額，是指按稅法規定的剩余結轉年限內，每年可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額。

　　重組后的企業可承繼相關所得稅事項

　　在重組業務符合特殊性的稅務處理中，財稅[2009]59號文件第六條第四項規定，被合并企業合并前的相關所得稅事項由合并企業承繼。第六條第五項規定，企業分立，已分立資產相應的所得稅事項由分立企業承繼。財稅[2009]59號文件，對“相關所得稅事項”所指并不明確。

　　鑒于此，《管理辦法》第二十八條規定，這些事項包括尚未確認的資產損失、分期確認收入的處理，以及尚未享受期滿的稅收優惠政策承繼處理問題等。其中，對稅收優惠政策承繼處理問題，凡屬于依照《企業所得稅法》第五十七條規定中就企業整體（即全部生產經營所得）享受稅收優惠過渡政策的，合并或分立后的企業性質及適用稅收優惠條件未發生改變的，可以繼續享受合并前各企業或分立前被分立企業剩余期限的稅收優惠。合并前各企業剩余的稅收優惠年限不一致的，合并后企業每年度的應納稅所得額，應統一按合并日各企業合并前企業資產占合并后企業總資產的比例進行劃分，再分別按相應的剩余優惠年限計算應納稅額。合并前各企業或分立前被分立企業按照稅收優惠政策規定，以及稅收優惠過渡政策中就有關生產經營項目所得享受的稅收優惠承繼處理問題，按照《實施條例》第八十九條規定執行。

　　分步實施重組的可以先預計處理

　　財稅[2009]59號文件第十條規定，企業在重組發生前后連續12個月內分步對其資產、股權進行交易，應根據實質重于形式原則將上述交易作為一項企業重組交易進行處理。如企業股權收購中，2009年10月轉讓企業全部股權的50%，2010年5月轉讓30%，時間相隔不足12個月合計轉讓80%股權，可以認為符合股權收購特殊性重組條件之一的“購買的股權不低于被收購企業全部股權的75%”。

　　《管理辦法》第三十二條規定，若同一項重組業務涉及在連續12個月內分步交易，且跨兩個納稅年度，當事各方在交易完成時預計整個交易可以符合特殊性稅務處理條件，可以協商一致選擇特殊性稅務處理的，可在交易完成后，適用特殊性稅務處理。主管稅務機關在審核有關資料后，符合條件的，可以暫認可適用特殊性稅務處理。第二年再進行交易后，應按本辦法要求，準備相關資料確認適用特殊性稅務處理。上述跨年度分步交易，若當事方在首個納稅年度不能預計整個交易是否符合特殊性稅務處理條件，應適用一般性稅務處理。在下一納稅年度全部交易完成后，適用特殊性稅務處理的，可以調整上一納稅年度的企業所得稅年度申報表，涉及多繳稅款的，各主管稅務機關應退稅，或抵繳當年應納稅款。

　　12個月內改變重組條件需調整處理

　　對于符合特殊性稅務處理并選擇特殊處理的重組業務，如果在規定的時間內（12個月內）重組中的主要條件發生變化，如股東變化、實質性經營活動改變等，導致不再符合原先確定條件的，需要調整原來的稅收處理方式。《管理辦法》第三十條規定，當事方的其中一方在規定時間內發生生產經營業務、公司性質、資產或股權結構等情況變化，導致重組業務不再符合特殊性稅務處理條件的，發生變化的當事方應在情況發生變化的30天內書面通知其他所有當事方。主導方在接到通知后30日內將有關變化通知其主管稅務機關。上款所述情況發生變化后60日內，應按照一般性稅務處理的規定調整重組業務的稅務處理。原交易各方應各自按原交易完成時資產和負債的公允價值計算重組業務的收益或損失，調整交易完成納稅年度的應納稅所得額及相應的資產和負債的計稅基礎，并向各自主管稅務機關申請調整交易完成納稅年度的企業所得稅年度申報表。逾期不調整申報的，按照《稅收征管法》的相關規定處理。

　　跨境重組要準備和報送相關資料

　　財稅[2009]59號文件第七條規定，企業發生涉及中國境內與境外之間（包括港澳臺地區）的股權和資產收購交易，除應符合本通知第五條規定的條件外，還應同時符合下列條件，才可選擇適用特殊性稅務處理規定：1.非居民企業向其100%直接控股的另一非居民企業轉讓其擁有的居民企業股權，沒有因此造成以后該項股權轉讓所得預提稅負擔變化，且轉讓方非居民企業向主管稅務機關書面承諾在3年（含3年）內不轉讓其擁有受讓方非居民企業的股權。2.非居民企業向與其具有100%直接控股關系的居民企業轉讓其擁有的另一居民企業股權。3.居民企業以其擁有的資產或股權向其100%直接控股的非居民企業進行投資。4.財政部、國家稅務總局核準的其他情形。

　　《管理辦法》第三十六條規定，發生上述第一項、第二項規定的重組，適用特殊稅務處理的，應按照《國家稅務總局關于印發〈非居民企業所得稅源泉扣繳管理暫行辦法〉的通知》（國稅發[2009]3號）和《國家稅務總局關于加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函[2009]698號）要求，準備資料。對發生第三項規定重組的，《管理辦法》也規定了居民企業應向其所在地主管稅務機關報送的相關六種資料。