《內地和澳門特別行政區關于對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》（以下簡稱《安排》）第三議定書已于2016年7月19日在北京正式簽署。第三議定書對《安排》做出以下修改：
　　一、修改《安排》第八條（海運、空運和陸運）第一款，規定一方企業在另一方以船舶、飛機或陸運車輛經營海運、空運和陸運運輸所取得的收入和利潤，該另一方應予免稅（在內地包括增值稅及其它類似稅種）。此修改是針對內地營業稅改征增值稅的稅制改革，明確《安排》第八條第一款的免稅待遇適用于內地征收的增值稅。
　　二、針對《安排》第十二條（特許權使用費）第二款，增加對飛機和船舶租賃業務支付的特許權使用費征稅規定，即所征稅款不應超過特許權使用費總額的5%，其余情況下的特許權使用費稅率不變。
　　三、針對《安排》第十條（股息）、第十一條（利息）、第十二條（特許權使用費）和第十三條（財產收益）增加主要目的測試規定，以防止《安排》被濫用。
　　根據第三議定書第四條規定，該議定書自2016年12月12日起生效執行。