國科發火【2008】172號規定，科技部、財政部、稅務總局組成全國高新技術企業認定管理工作領導小組（以下稱“領導小組”）, 領導小組下設辦公室。各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門組成本地區高新技術企業認定管理機構（以下稱“認定機構”）。高新技術企業認定的程序如下：

（一）企業自我評價及申請

企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，對照本辦法第十條規定條件，進行自我評價。認為符合認定條件的，企業可向認定機構提出認定申請。

（二）提交下列申請材料

1. 高新技術企業認定申請書；

2. 企業營業執照副本、稅務登記證（復印件）；

3. 知識產權證書（獨占許可合同）、生產批文，新產品或新技術證明（查新）材料、產品質量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料；

4. 企業職工人數、學歷結構以及研發人員占企業職工的比例說明；

5. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用情況表（實際年限不足三年的按實際經營年限），并附研究開發活動說明材料；

6. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）以及技術性收入的情況表。

（三）合規性審查

認定機構應建立高新技術企業認定評審專家庫；依據企業的申請材料，抽取專家庫內專家對申報企業進行審查，提出認定意見。

（四）認定、公示與備案

認定機構對企業進行認定。經認定的高新技術企業在“高新技術企業認定管理工作網”上公示15個工作日，沒有異議的，報送領導小組辦公室備案，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，并向企業頒發統一印制的“高新技術企業證書”。