2013年12月10日，北京市國稅局網站發布《企業所得稅類熱點問題（2013年10月）》。這些熱點問題確實反應了實務工作中的一些爭議問題。比如按照財稅〔2009〕27號規定：自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。

      納稅人詢問企業為部分員工繳納的補充養老保險費、補充醫療保險費是否可以按照上述文件規定計算扣除限額，還是不予稅前扣除？另外允許扣除的，是在補繳當年扣除還是在所屬以前年度扣除？扣除限額的計算如何計算？
      答：按照《財政部 國家稅務總局關于補充養老保險費補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2009〕27號）規定，“企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。”因此，企業為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費可以從稅前扣除，為部分員工支付的補充養老保險費和補充醫療保險費不得從稅前扣除。
      按照權責發生制[1]的原則，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工補繳的補充養老保險費和補充醫療保險費扣除在發生所屬年度。
      王駿:對于補充的養老保險和補充的醫療保險稅前扣除，北京局采用了追溯調整的方法，這樣的操作對企業是一把“雙刃劍”。比如，某一個企業在2013年補繳了2012年度的全體職工的年金，北京局不允許這部分補繳的年金在2013年度稅前扣除，而要追溯回2012年度，這樣勢必要去辦理2012年度的所得稅數據重申報和2012年度的企業所得稅退稅，操作難度很大，這對企業的不利的。另外，如果該企業在2013年發生“雙支付”，不僅補付了2012年度的年金，而且也支付了2013本年度的年金，如果不實行追溯，可能就會出現支付兩個年度的年金，但只能使用一個年度的工資乘以5%的限額的問題，可能會出現嚴重超標而不得充分扣除的情形，從這個角度來說，北京局的要求又是對企業有利的。
    【解決之道】對于2013年度的支付的2012年度和2013年度的兩份年金，仍然堅持“實際支付”才可以稅前扣除，原2012年度并非支付年度，不要求企業追溯回2012年度扣除。要求企業將兩份年金在2013年度分開申報，分別適用2012和2013兩個年度的5%的限額，其中2013年度的年金通過附表三35行進行調整，2012年度的年金通過附表三40行其他進行調整。
    企業所得稅需要尊重企業稅前扣除的充分性，只要是實際發生的真實合理的支出應盡量保證企業得到扣除。通過申報表這樣重要的程序性政策來保證企業的合理利益，也是對企業所得稅按照收益課稅這一重要原理的尊重。