一、企業(yè)清算業(yè)務的兩個層面（見附表）
我們以目前主流的具有法人資格的公司來看，一般公司是由股東投資成立的，這里的股東包括個人股東（個人投資者）和企業(yè)股東（企業(yè)投資者）。因此，當一個公司根據(jù)《公司法》的相關規(guī)定從無到有創(chuàng)立起來時，在企業(yè)所得稅上實際上就產生了兩個主體：
1、公司層面：依法創(chuàng)立的公司作為一個企業(yè)所得稅納稅人，應就其生產經營所得依法繳納企業(yè)所得稅。
2、股東層面：在股東層面，創(chuàng)立該公司的企業(yè)投資者在企業(yè)所得稅上也成為一個企業(yè)所得稅納稅人，其應就其投資該公司所取得的股息所得和投資轉讓所得依法繳納企業(yè)所得稅。（個人股東則是根據(jù)個人所得稅法的規(guī)定，就其投資的股息所得和投資轉讓所得依法繳納個人所得稅。）
既然公司的創(chuàng)立在企業(yè)所得稅上產生了兩個層面的主體，公司和公司的企業(yè)股東。因此，在公司的清算環(huán)節(jié)，企業(yè)所得稅的清算也應該是兩個層面主體的清算。一個是公司層面，即從事實體生產經營的公司應進行企業(yè)所得稅的清算。二是股東層面，即公司的企業(yè)投資者也應進行投資行為取得的所得進行企業(yè)所得稅清算。這就是我們所說的企業(yè)清算業(yè)務中的兩個層面的問題。
因此，我們在企業(yè)所得稅清算環(huán)節(jié)，不能僅關注公司層面的清算，而忘記了股東層面的清算。這一點，《企業(yè)所得稅法實施條例》第十一條規(guī)定地非常清楚：
企業(yè)所得稅法第五十五條所稱清算所得，是指企業(yè)的全部資產可變現(xiàn)價值或者交易價格減除資產凈值、清算費用以及相關稅費等后的余額。
[注]第一款就是說的在公司層面，當公司在進行企業(yè)所得稅清算時，如何計算清算所得，繳納企業(yè)所得稅。
投資方企業(yè)從被清算企業(yè)分得的剩余資產，其中相當于從被清算企業(yè)累計未分配利潤和累計盈余公積中應當分得的部分，應當確認為股息所得；剩余資產減除上述股息所得后的余額，超過或者低于投資成本的部分，應當確認為投資資產轉讓所得或者損失。
[注]第二款說的就是股東層面，即在公司清算完成后，公司的企業(yè)股東如何確認其投資轉讓所得或損失，從而進行股東層面就該項投資行為的企業(yè)所得稅清算。
財稅[2009]60號的“企業(yè)清算業(yè)務企業(yè)所得稅處理”實際包含的是兩個層面企業(yè)所得稅清算處理的規(guī)定：一個是在公司層面，公司在清算時的企業(yè)所得稅處理；另一個是在股東層面，其投資在清算時的企業(yè)所得稅處理。這一點是我們在理解文件時首先需要注意的。
二、進行企業(yè)所得稅清算的條件
在講企業(yè)所得稅清算條件時，我們首先需要更正很多人一個錯誤的看法。實踐中很多人認為企業(yè)稅務登記證注銷就必須進行企業(yè)所得稅的清算，這個觀點是不正確的。
根據(jù)《稅務登記管理辦法》（國家稅務總局令第七號）的規(guī)定，以下三種情況應進行稅務登記的注銷：
1、納稅人發(fā)生解散、破產、撤銷以及其他情形，依法終止納稅義務的，應當在向工商行政管理機關或者其他機關辦理注銷登記前，持有關證件和資料向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記；按規(guī)定不需要在工商行政管理機關或者其他機關辦理注冊登記的，應當自有關機關批準或者宣告終止之日起15日內，持有關證件和資料向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記。
2、納稅人因住所、經營地點變動，涉及改變稅務登記機關的，應當在向工商行政管理機關或者其他機關申請辦理變更、注銷登記前，或者住所、經營地點變動前，持有關證件和資料，向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記，并自注銷稅務登記之日起30日內向遷達地稅務機關申報辦理稅務登記。
3、境外企業(yè)在中國境內承包建筑、安裝、裝配、勘探工程和提供勞務的，應當在項目完工、離開中國前15日內，持有關證件和資料，向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記。
對于第3點涉及的企業(yè)所得稅處理問題，應根據(jù)《非居民承包工程作業(yè)和提供勞務稅收管理暫行辦法》（國家稅務總局令第19號）處理。這里我們不討論。
我們需要提醒大家注意的是，在第1點和第2點需要進行企業(yè)稅務登記證注銷時，并不必然需要進行企業(yè)所得稅的清算。
那在什么情況下應進行企業(yè)所得稅的清算呢？財稅[2009]60號文第二條給予了明確：
（一）按《公司法》、《企業(yè)破產法》等規(guī)定需要進行清算的企業(yè)；
（二）企業(yè)重組中需要按清算處理的企業(yè)。
對于第一點按《公司法》、《企業(yè)破產法》等規(guī)定需要進行清算的主要包括以下幾種類型：
1、企業(yè)解散。合資、合作、聯(lián)營企業(yè)在經營期滿后，不再繼續(xù)經營而解散；合作企業(yè)的一方或多方違反合同、章程而提前終止合作關系解散。
2、企業(yè)破產。企業(yè)不能清償?shù)狡趥鶆眨蛘咂髽I(yè)法人已解散但未清算或者未清算完畢，資產不足以清償債務的，債權人或者依法負有清算責任的人向人民法院申請破產清算。因不能清償?shù)狡趥鶆眨⑶屹Y產不足以清償全部債務或者明顯缺乏清償能力的，企業(yè)也可以主動向人民法院申請破產清算。
3、其他原因清算。企業(yè)因自然災害、戰(zhàn)爭等不可抗力遭受損失，無法經營下去，應進行清算；企業(yè)因違法經營，造成環(huán)境污染或危害社會公眾利益，被停業(yè)、撤銷，應當進行清算。
對于第二點企業(yè)重組中需要按清算處理的，根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59）號文的規(guī)定，主要包括以下三種情況：
1、企業(yè)由法人轉變?yōu)閭€人獨資企業(yè)、合伙企業(yè)等非法人組織，或將登記注冊地轉移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區(qū)），應進行企業(yè)所得稅清算，
2、不適用特殊性稅務處理的企業(yè)合并中，被合并企業(yè)及其股東都應按清算進行所得稅處理。
3、不適用特殊性稅務處理的企業(yè)分立中，被分立企業(yè)不再繼續(xù)存在時，被分立企業(yè)及其股東都應按清算進行所得稅處理。
這里，我們再對照《稅務登記管理辦法》的規(guī)定就可以看出，在第1點中當納稅人發(fā)生解散、破產、撤銷以及其他情形，依法終止納稅義務的而進行稅務登記注銷時，必須進行企業(yè)所得稅的清算。但在第2點中，納稅人因住所、經營地點變動，涉及改變稅務登記機關的而進行稅務登記注銷時，是不需要進行企業(yè)所得稅清算的。這一點在財稅[2009]59第四條中規(guī)定的就非常明確：
除企業(yè)由法人轉變?yōu)閭€人獨資企業(yè)、合伙企業(yè)等非法人組織，或將登記注冊地轉移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區(qū)）外，企業(yè)發(fā)生其他法律形式簡單改變的，可直接變更稅務登記，除另有規(guī)定外，有關企業(yè)所得稅納稅事項（包括虧損結轉、稅收優(yōu)惠等權益和義務）由變更后企業(yè)承繼，但因住所發(fā)生變化而不符合稅收優(yōu)惠條件的除外。
對于企業(yè)經營地點變動問題，雖然財稅[2009]59規(guī)定，除登記注冊地轉移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區(qū)）外，可直接變更稅務登記。但是，該文件是對于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅問題的規(guī)定。而對于稅務登記的變更和注銷問題，仍應根據(jù)《稅務登記管理辦法》（國家稅務總局令第七號）的規(guī)定辦理，即先向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記，并自注銷稅務登記之日起30日內向遷達地稅務機關申報辦理稅務登記。但是，有一點是明確的，這種經營地點變更而導致注銷稅務登記時，企業(yè)是不需要進行企業(yè)所得稅清算的。以前，很多企業(yè)在進行跨區(qū)域經營地址變更而注銷稅務登記時，原生產經營地稅務機關經常要求企業(yè)進行企業(yè)所得稅的清算，現(xiàn)在我們對照財稅[2009]59文的規(guī)定來看，這種做法是不正確的。
企業(yè)發(fā)生地除由法人轉變?yōu)閭€人獨資企業(yè)、合伙企業(yè)等非法人組織外，其他法律形式簡單改變的也不需要進行企業(yè)所得稅的清算，比如企業(yè)由有限責任公司變更為股份有限公司，這種法律形式的變更由于需要注銷原工商登記重新辦理工商登記，必須進行原稅務登記注銷。但此時，我們僅進行登記注銷，無須進行企業(yè)所得稅的清算。
三、企業(yè)清算期的確定（見附表）
從上面我們就可以看出，企業(yè)的清算期是從企業(yè)終止生產經營之日起到企業(yè)注銷登記日之前。
從1月1日到企業(yè)終止生產經營之日，這一點是企業(yè)正常生產經營期，企業(yè)取得的為生產經營所得，對于這部分的所得，因以當年1月1日至企業(yè)終止生產經營之日作為一個獨立的納稅年度，根據(jù)《企業(yè)所得稅法》的相關規(guī)定，在自實際經營終止之日起60日內，向稅務機關辦理當期企業(yè)所得稅匯算清繳，按《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》的相關規(guī)定進行。
而從企業(yè)終止生產經營之日到企業(yè)注銷稅務登記之前，為清算期。企業(yè)的清算期也應作為一個獨立的納稅年度。
四、企業(yè)清算所得的計算
企業(yè)清算的所得稅處理包括以下內容：
（一）全部資產均應按可變現(xiàn)價值或交易價格，確認資產轉讓所得或損失；
（二）確認債權清理、債務清償?shù)乃没驌p失；
（三）改變持續(xù)經營核算原則，對預提或待攤性質的費用進行處理；
（四）依法彌補虧損，確定清算所得；
（五）計算并繳納清算所得稅；
（六）確定可向股東分配的剩余財產、應付股息等。
企業(yè)的全部資產可變現(xiàn)價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額，為清算所得。
對照財稅[2009]60號文：清算的清算所得的計算公式如下：
清算所得＝企業(yè)的全部資產可變現(xiàn)價值或交易價格－資產的計稅基礎-清算費用－相關稅費＋債務清償損益－彌補以前年度虧損
其中債務清償損益＝債務的計稅基礎－債務的實際償還金額。正數(shù)為收益，負數(shù)為損失。
公式中的相關稅費為企業(yè)在清算過程中發(fā)生的相關稅費，不包含企業(yè)以前年度欠稅。
我們以一個例子來說明一下。
下面是一個企業(yè)停止生產經營之日的資產負債表：（單位：萬元）（見附表）
企業(yè)的清算期內支付清算費用100，支付職工安置費、法定補償金150.清算過程中發(fā)生的相關稅費為20，以前年度可以彌補的虧損300.企業(yè)將在預計負債中提取的售后服務費支付給第三方服務機構，負責公司已銷售產品的售后維修。
[注]公司當時根據(jù)售后服務的規(guī)定提取的售后服務費10萬元，在當時進入管理費用，但稅法必須在實際發(fā)生時扣除。
清算所得＝5660－5090－100－150－20＋（5000－4410）－300＝590
清算所得稅＝590×25%＝147.5
這里需要提醒大家注意的一點是，在企業(yè)資產負債表中有兩個特別的項目需要大家關注，一個是遞延所得稅資產，一個是遞延所得稅負債。由于我們在計算企業(yè)清算所得時，是直接用資產的可變現(xiàn)價值或交易價格減去的資產的計稅基礎，而不是賬面價值。因此，遞延所得稅資產或負債實際已經轉回了。所以，這項資產或負債在計算企業(yè)清算所得時就無須考慮。
如果我們以企業(yè)資產或負債的賬面價值為基礎計算清算所得，則清算所得＝企業(yè)的全部資產可變現(xiàn)價值或交易價格－資產的賬面價值-清算費用－相關稅費＋債務的賬面價值－債務的實際償還金額－彌補以前年度虧損－遞延所得稅資產＋遞延所得稅負債
五、股東層面的企業(yè)所得稅清算
企業(yè)的全部資產的可變現(xiàn)價值或交易價格減除清算費用，職工的工資、社會保險費用和法定補償金，結清清算所得稅、以前年度欠稅等稅款，清償企業(yè)債務后的余額為可以向企業(yè)所有者分配的剩余財產。
被清算企業(yè)的股東分得的剩余資產的金額，其中相當于被清算企業(yè)累計未分配利潤和累計盈余公積中按該股東所占股份比例計算的部分，應確認為股息所得；剩余資產減除股息所得后的余額，超過或低于股東投資成本的部分，應確認為股東的投資轉讓所得或損失。
被清算企業(yè)的股東從被清算企業(yè)分得的資產應按可變現(xiàn)價值或實際交易價格確定計稅基礎。
我們仍以上面案例為基礎
企業(yè)可以向所有者分配的剩余財產＝5660－100－150－20－147.5－4410＝832.5
企業(yè)所有者權益結構如下：（見附表）
假設該企業(yè)有一個企業(yè)股東，當時投資200萬，占公司股份的16.67%。該企業(yè)股東最終分的財產價值13.88萬元。
由于該企業(yè)未分配利潤和盈余公積合計數(shù)為負數(shù)。因此，該企業(yè)的企業(yè)股東分得的剩余財產中無相當于被清算企業(yè)累計未分配利潤和累計盈余公積中按該股東所占股份比例計算的部分，及清算中分得的的資產無股息所得。
投資轉讓所得（損失）＝13.88－200＝－186.12
該企業(yè)股東該項投資最終產生186.12萬元的投資損失。該投資損失企業(yè)根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)資產損失稅前扣除政策的通知》（財稅[2009]57）號）進行損失的稅前扣除。
如果該企業(yè)股東分配取得的財產不是現(xiàn)金，而是其他非貨幣性資產的，這些非貨幣性資產的入賬價值按可變現(xiàn)價值或實際交易價格確定計稅基礎。
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