實際上，在新企業所得稅法實施以前，國家稅務總局針對建筑企業所得稅納稅地點的問題就專門下文進行過明確。國家稅務總局1995年出臺了國稅發[1995]227號《國家稅務總局關于建筑安裝企業所得稅納稅地點問題的通知》，明確了建筑企業的納稅地點問題，即建筑安裝企業離開工商登記注冊地或經營管理所在地（以下簡稱所在地）到本縣（區）以外地區施工的，應向其所在地的主管稅務機關申請開具外出經營活動稅收管理證明（以下簡稱外出經營證），其經營所得，由所在地主管稅務機關一并計征所得稅。否則，其經營所得由企業項目施工地（以下簡稱施工地）主管稅務機關就地征收所得稅。也就是說，建筑企業異地施工，持有外出經營活動稅收管理證明（以下簡稱外經證）的，企業所得稅回機構所在地繳納。無外經證的，在施工地就地繳納企業所得稅。

　　但是，由于各地對于稅源的爭奪，這一規定在實踐中一直沒有得到有效的執行。對于建筑企業所得稅納稅地點的問題，國家稅務總局在新企業所得稅法實施后曾下發過一個《建筑企業所得稅征收管理問題的通知》（征求意見稿）。意見稿中對于建筑企業的納稅地點和繳稅方式主要有兩層意思：一是實行總分支機構的建筑企業，按總分支機構匯總納稅有關規定執行；二是不實行總分機構體制，由建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目經理部，應按項目實際經營收入的0.5%按月或按季（隨同營業稅）由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目管理部向主管稅務機關繳納。對于該意見，當地有很多施工項目的地區比較歡迎。而對于擁有很多建筑企業的地區則會面臨很大的稅款流失。比如我國有些地區就是有名的建筑之鄉，當地有很多大型建筑企業，但這些企業基本是在該地區以外的全國各地進行施工。如果這些企業都在施工地預繳部分企業所得稅的話，這些地區的由此將損失大量的稅收。

　　為進一步規范建筑企業所得稅納稅地點，保障納稅人的合法權益，維護正常有序的稅收征納秩序，國家稅務總局于2010年1月26日專門下發了《關于建筑企業所得稅征管有關問題的通知》（國稅函[2010]39號），規范了建筑企業所得稅的征管。從文件規定來看，總局新的文件基本否定了當時征求意見稿的意見。

　　第一：實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業應嚴格執行國稅發[2008]28號文件規定，按照統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫的辦法計算繳納企業所得稅。

　　這里實際上是將建筑企業跨地區經營分為實行總、分支機構體制和不實行總、機構體制兩種情況，分別規定建筑企業所得稅的稅收征管問題。

　　如果建筑企業跨地區經營，不實行總、分機構體制的，即施工合同由總機構直接和建設單位簽訂，由總機構直接以自己名義來項目所在地進行施工的，如果總機構能向項目所在地稅務機關提供以其名義簽訂的合同、外出經營活動稅收管理證明、機構所在地主管稅務機關提供的納稅證明及相應身份證明的，其企業所得稅應回其機構所在地納稅。

　　如果建筑企業跨地區經營，實行總、分機構體制的，應根據國稅發[2008]28號文件規定，分支機構應在項目所在地按月或按季預繳企業所得稅。但是，根據國稅發[2008]28號文件規定，新設立的分支機構，設立當年不就地預繳企業所得稅。當然，盡管有這個文件的規定，各地稅務機關對于實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業在企業所得稅的具體征管方法上可能還會有所差異。有些地方在文件下發后在開票環節就不再預征企業所得稅，而是嚴格要求分支機構按規定預繳企業所得稅。有些地方從強化管理的角度考慮，可能在開票環節仍實行按一個固定比例預征企業所得稅，但是在年度終了，會根據分支機構提供的《中華人民共和國企業所得稅匯總納稅分支機構分配表》進行結算，多退少補。這個，企業應關注當地的相關規定。但是，企業必須要牢記一點的是，無論當地實行哪種管理模式，分支機構在當地預繳的企業所得稅不能超過按國稅發[2008]28號文的規定應在當地預繳的企業所得稅數額，否則總機構應在隨后的預繳期間內，由總機構將按上述文件規定計算分配的稅款差額從分支機構的預繳數中扣減。即分支機構在當地多預繳的企業所得稅，在總機構辦理企業所得稅年度匯算清繳時，不能作為已繳稅款而減少總機構應在其所在地稅務機關應繳納的企業所得稅，而影響到總機構所在地的稅收權益。

　　這里，還需要注意的是，總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分期預繳企業所得稅。二級分支機構及其下屬機構均由二級分支機構集中就地預繳企業所得稅；三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額統一計入二級分支機構。

　　也就是說，實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業需要就地預繳企業所得稅的，僅限于其設立的具有主體生產經營職能的二級分支機構。三級及其以下分支機構不需要就地預繳企業所得稅。

　　對于符合條件的二級分支機構，國稅函[2009]221號《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》又給予了進一步明確：二級分支機構是指總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的領取非法人營業執照的分支機構。以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供有效證據證明其二級及二級以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅。

　　由于施工資質等各種原因，建筑業中的掛靠經營非常普遍。有些建筑企業跨地區經營設立的分支機構，在財務、業務、人員等方面都合總機構無直接聯系，僅僅是某些企業和個人為了獲得施工資質，借有資質建筑企業之名設立的。因此，這些不符合條件的二級分支機構，應作為獨立納稅人就地繳納企業所得稅。

　　第二：建筑企業跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統一計算，按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法計算繳納企業所得稅。

　　由于符合條件的二級分支機構必須是領取非法人營業執照的分支機構，因此建筑企業跨地區經營，從管理角度考慮設立的項目經理部、工程指揮部或合同段，都不符合二級分支機構的條件。因此，如果這些項目經理部是總機構直接設立的，則匯總到總機構繳納企業所得稅，不需要在當地預繳。如果這些項目經理部是符合條件的二級分支機構設立的，則并入二級分支機構，由二級分支機構統一預繳企業所得稅。

　　第三：文件重申了稅收執法紀律，各地稅務機關自行制定的與本通知相抵觸的征管文件，一律停止執行并予以糾正；對按照規定不應就地預繳而征收了企業所得稅的，要及時將稅款返還給企業。未按本通知要求進行糾正的，稅務總局將按照執法責任制的有關規定嚴肅處理。