統(tǒng)一計算，是指建筑企業(yè)應統(tǒng)一計算包括各個不具有法人資格營業(yè)機構在內(nèi)的企業(yè)的全部應納稅所得額和應納稅額。也就是說，跨省市設立分支機構的企業(yè)，應匯集各分支機構的收入、成本、費用等，統(tǒng)一計算應納稅所得額和應納稅額，如果總機構和分支機構適用稅率不一致的，應分別計算應納稅所得額和應納稅額，分別按照適用稅率納稅。

　　分級管理，是指建筑企業(yè)總機構、分支機構，分別由所在地主管稅務機關屬地進行監(jiān)督和管理。

　　就地預繳，是指建筑企業(yè)總機構和分支機構應分別在當?shù)匕丛禄虬醇径阮A繳稅款，具體方法是：總機構根據(jù)企業(yè)本期累計實際經(jīng)營成果，統(tǒng)一計算企業(yè)實際利潤額、應納稅額。將總機構計算的應納稅額分成相等的兩部分，50%由總機構繳納，另外的50%由分支機構繳納。如果一個總機構下設多家分支機構，則再由各分支機構按照一定的比例，計算自己應在當?shù)乩U納的稅款，各分支機構的分享比例，按照各自的經(jīng)營收入、職工工資、資產(chǎn)總額三個因素和0.35、0.35、0.3的比重計算得出。

　　需要注意幾個問題：一是分支機構經(jīng)營收入，是指分支機構在銷售商品或者提供勞務等經(jīng)營業(yè)務中實現(xiàn)的全部營業(yè)收入。分支機構職工工資，是指分支機構為獲得職工提供的服務而給予職工的各種形式的報酬。分支機構資產(chǎn)總額，是指分支機構擁有或者控制的除無形資產(chǎn)外能以貨幣計量的經(jīng)濟資源總額。為簡化數(shù)額確定，各分支機構的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額的數(shù)據(jù)，均以企業(yè)財務會計決算報告數(shù)據(jù)為準。二是這里提到的總機構的應納稅額是根據(jù)實際經(jīng)營成果計算出來，而不是根據(jù)上年度應納稅所得額的一定比例計算。同時，企業(yè)在規(guī)定期限內(nèi)按實際利潤額預繳有困難的，經(jīng)總機構所在地主管稅務機關認可，可以按照上一年度應納稅所得額的1／12或1／4，由總機構、分支機構就地預繳企業(yè)所得稅。以上公式中分支機構僅指需要就地預繳的分支機構，該稅款分攤比例按照上述方法一經(jīng)確定后，當年不作調(diào)整。

　　匯總清算，是指建筑企業(yè)總機構應在年度終了后5個月內(nèi)，依照法律、法規(guī)和其他有關規(guī)定進行所得稅年度匯算清繳。統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補。其中，當年應補繳的所得稅款，由總機構繳入中央國庫。當年多繳的所得稅款，由總機構所在地主管稅務機關開具“稅收收入退還書”等憑證，按規(guī)定程序從中央國庫辦理退庫。

　　財政調(diào)庫，是在堅持目前所得稅由中央和地方按照60∶40的比例分享的前提下，對由總機構繳納的部分稅款，不是在中央與總機構所在地之間分配，而是由財政部在全國各地之間進行分配。具體辦法如下：將建筑企業(yè)總機構在其所在地繳納全部稅額的50%分成相等的兩部分，應納稅總額的25%就地辦理繳庫，所繳稅款由中央與總機構所在地按照60∶40分享。應納稅總額另外的25%由總機構全額繳入中央國庫，所繳納稅款的60%為中央收入，另40%由財政部按照相關規(guī)定向各省市分配。如果某分支機構因適用稅率與總機構不一致而單獨計算應納稅額的，其應納稅額也不是在該分支機構所在地繳納，而是按照國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定的辦法在總分機構之間分配。

　　由于一些大公司的層級多，如果層層預繳會使操作過于復雜，所以國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定總機構和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構，就地分期預繳企業(yè)所得稅，三級及以下分支機構不就地預繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構。同時，對總機構設立具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門，且具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門的經(jīng)營收入、職工工資、資產(chǎn)總額與管理職能部門分開核算的，可將具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門視同一個分支機構，就地預繳企業(yè)所得稅。《國家稅務總局關于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）規(guī)定，以總機構名義進行生產(chǎn)經(jīng)營的非法人分支機構無法提供有效證據(jù)證明其二級及二級以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅，不執(zhí)行國稅發(fā)[2008]28號文件的相關規(guī)定。各地根據(jù)國家稅務總局上述文件出臺了相應的管理辦法，有的規(guī)定異地施工的建筑企業(yè)代開建筑業(yè)發(fā)票時，按開票金額的一定比例附征企業(yè)所得稅。

　　為避免建筑企業(yè)重復納稅，國稅函[2010]39號文件明確，建筑企業(yè)跨地區(qū)設立的不符合二級分支機構條件的項目經(jīng)理部（包括與項目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統(tǒng)一計算，按照國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定的辦法計算繳納企業(yè)所得稅。也就是說，建筑企業(yè)跨地區(qū)設立的項目經(jīng)理部（包括與項目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等），凡不符合二級分支機構條件的，其收入一律應匯總到總機構和二級分支機構，統(tǒng)一繳納企業(yè)所得稅。而且具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門與管理職能部門的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額不能分開核算的，具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門不得視同一個分支機構，不就地預繳企業(yè)所得稅。新設立的分支機構，設立當年不就地預繳企業(yè)所得稅，撤銷的分支機構，撤銷當年剩余期限內(nèi)應分攤的企業(yè)所得稅款由總機構繳入中央國庫。