因企業納稅義務發生期間跨多個年度，適用稅率發生變化，應分不同的所屬期間分別計算補繳稅款。

　　首先，企業在2005年~ 2008年12月31日之前發生的煤炭銷售行為，補繳增值稅時的適用稅率應根據《財政部、國家稅務總局關于調整金屬礦、非金屬礦采選產品增值稅稅率的通知》（財稅字[94]第022號）第一條的規定，從1994年5月1日起，金屬礦采選產品，非金屬礦采選產品增值稅稅率由17%調整為13%.該文件規定，煤炭，是指直接從地下開采出來的原煤和經洗選、精選工序生產的洗煤、選煤。在開采、洗選、運輸過程中產生的落地煤、石煤、手揀煤、風化煤、煤泥等，也屬“煤炭”的征收范圍。同時，根據《增值稅暫行條例》第十二條的規定，小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務的征收率為6%.

　　其次，企業在2009年以后發生的煤炭銷售行為，補繳增值稅的適用稅率應根據《財政部、國家稅務總局關于金屬礦非金屬礦采選產品增值稅稅率的通知》（財稅[2008]171號）規定，自2009年1月1日起，金屬礦采選產品、非金屬礦采選產品增值稅稅率由13%恢復到17%.該文件所稱金屬礦采選產品，包括黑色和有色金屬礦采選產品；非金屬礦采選產品，包括除金屬礦采選產品以外的非金屬礦采選產品、煤炭和鹽。同時，根據《增值稅暫行條例》第十二條規定，自2009年1月1日起，小規模納稅人增值稅征收率為3%。

　　在以上兩個納稅所屬期內分別又有兩個不同的適用稅率，究竟企業應按照哪一個適用稅率或征收率計算補繳稅款呢？稅務人員告訴財務人員，依照政策規定，企業納稅人的主體資格不同，其所適用的稅率或征收率也有所不同，因企業一直沒有正式辦理稅務登記，還需要對企業納稅的主體資格進行認定，區分不同情況按適用稅率或征收率進行核算納稅。一、根據《國家稅務總局關于印發增值稅一般納稅人申請認定辦法的通知》（國稅發[1994]59號）規定，一般納稅人是指年應征增值稅銷售額（以下簡稱年應稅銷售額，包括一個公歷年度內的全部應稅銷售額），超過財政部規定的小規模納稅人標準的企業和企業性單位。財政部規定的年應稅銷售額標準為：從事貨物生產或提供應稅勞務的納稅人，以及從事貨物生產或提供應稅勞務為主，兼營貨物批發或零售的納稅人，年應稅銷售額在100萬元以上的企業和企業性單位。該通知第四條同時規定，對符合一般納稅人條件但不申請辦理一般納稅人認定手續的納稅人，應按銷售額依照增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票。稅務人員解釋說，從企業開業到2009年1月1日前的每個納稅年度內，如果企業應稅銷售額達到100萬元以上的，從次年的1月份開始應按增值稅一般納稅人適用稅率13%計算補繳增值稅。如果達不到應稅銷售額標準，則按照小規模納稅人適用征收率6%計算補繳稅款。二、根據《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人認定有關問題的通知》（國稅函[2008]1079號）規定，新修訂的《增值稅暫行條例實施細則》降低了小規模納稅人標準（以下稱新標準），自2009年1月1日起實施。該文件規定，2008年應稅銷售額超過新標準的小規模納稅人向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定的，主管稅務機關應按照現行規定為其辦理一般納稅人認定手續。2009年應稅銷售額超過新標準的小規模納稅人，應當按照《增值稅暫行條例》及其實施細則的有關規定向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定。未申請辦理一般納稅人認定手續的，應按銷售額依照增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票。依照《增值稅暫行條例實施細則》第二十八條規定，生產型企業的小規模納稅人新標準為50萬元以下（含本數），依據新的一般納稅人認定標準，該企業如果在2009年度應稅銷售額達到50萬元以上的，則按照17%的適用稅率計算補繳稅款，如果達不到新的認定標準，則按照3%的征收率計算補繳稅款。

　　因此，該企業應對照上述規定，根據不同情形依照不同時期的適用稅率或征收率計算應補繳的增值稅稅款。同時，根據有關規定繳納相應的滯納金。