國家稅務總局發布的《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（國家稅務總局公告2012年第57號），對《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕28號，以下簡稱28號文件）進行了修訂和完善， 主要變化體現在四個方面：

一是明確了總分機構參與匯算清繳稅款的分配原則。根據28號文件，分支機構不參加匯算清繳，補稅和退稅都與分支機構無關；而根據57號公告，分支機構參加匯算清繳，補稅額和退稅額分別按照稅款分攤比例在總機構和分支機構之間進行，改變了分支機構僅承擔預繳義務的做法，稅款的分配更趨合理。

二是明確了總分機構查補稅款就地入庫問題，突破了就地監管的政策瓶頸。在28號文件規定下，由于沒有賦予分支機構所在地稅務機關相應的檢查權而使其監管處于“看得見而管不著”的狀態。57號公告明確了分支機構所在地稅務機關可以單獨對該分支機構進行稅務檢查，查補的稅款50%由總機構入庫，50%在查補出稅款的分支機構所在地入庫。地方稅收利益的驅動和稅務檢查權的明確，將在很大程度上調動二級分支機構所在地主管稅務機關的稅收管理積極性，賦予其更大的動力以加大管理力度。

三是明確了分支機構“三因素”的內涵且統一了所屬區間。采用會計準則的表述和口徑，將“三因素”中的“經營收入”改為“營業收入”，“職工工資”調整為“職工薪酬”，對“資產總額”的解釋不再排除無形資產；“三因素”的所屬區間統一為上年度，不再區分上上年度和上年度，提高了“三因素”的確定性，減少了總分支機構主管稅務機關之間的分歧。

四是明確了二級分支機構的定義，即匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。彌補了28號文件只對總機構定義而沒有對二級分支機構定義的缺失，為實際征管提供了原則性的參考。